Endogen (griech. "im Innern") hat in mehreren Wissenschaften eine andere Bedeutung:
Die Medizin spricht von endogenen Stoffen, Krankheiten oder Krankheitserregern, wenn diese im Innern des menschlichen Körpers entstehen.
Die Psychologie spricht von endogenen Faktoren oder Prozessen, wenn diese aus der psychischen Veranlagung eines Individuums heraus entstehen.
Auch die Wirtschaftswissenschaften benennen endogene Faktoren. In diesem Zusammenhang sind jene Faktoren gemeint, die ein Wirtschaftssystem (z.B. eine Volkswirtschaft) von Innen heraus beeinflussen.
In der Botanik sind endogene Pflanzenteile solche Teile einer Pflanze, die nicht aus Gewebeschichten an der Oberfläche der Pflanze heraus entstehen, sondern im Innern der Pflanze. Während ihres Wachstums durchstossen sie anschliessend die äusseren (exogenen) Gewebeschichten.
Die Geologie benennt ebenfalls endogene Kräfte, d.h. Kräfte, die im Erdinnern entstehen.