Das Modell RD 400 wurde 1977/78 (interne Baubezeichnung 1A3) als Ablösung für die in der Leistungsentfaltung sehr engbandige RD 350 auf den Markt gegeben. 1979 erfolgte eine Modernisierung mit kontaktloser Transistorzündung (MHKZ), überarbeiteter Fußrastenanlage (die vorher vorhandenen Fußrastenträger verliefen unterhalb der Verbindung Auspuffkrümmer/Endschalldämpfer und sorgten bei engagierter Fahrweise in Kurven mit welliger Fahrbahn für knifflige Situationen durch Aufsetzen) und neuem Design. Die interne Baubezeichnung lautete 2 R 9. Für beide Versionen gab es weiterhin dickere Zylinderkopfdichtungen, da insbesondere die mit Kontaktzündung bestückten Modelle bei Vernachlässigung der Zündungeinstellung bei Frühzündung zu den berüchtigten "Sparbüchsen" (Durchbrennen des Kolbenbodens) neigten.
Der Version 2 R 9 war nur eine kurze "Lebensdauer" beschieden, da bereits 1980 die wassergekühlten Versionen der RD-Modelle auf den europäischen Markt geliefert wurden und damit endgültig die Ära der luftgekühlten Zweitaktmotoren in der Yamaha-Modellpalette beendeten. Die Motorleistung betrug bei beiden Baumustern 43 PS.