Münster ist ein Ortsteil der Gemeinde Mickhausen (PLZ 86866) im südwestlichen Landkreis Augsburg.
Münster liegt an zwei nach Süden bzw. Südosten abfallenden Hängen im Naturpark Augsburg Westliche Wälder] am Oberlauf der Schmutter. Die erste urkundliche Erwähnung von Münster findet im Jahre 969 statt. Die Gründung geht vermutlich auf Benediktinermönche zurück die sich zwischen 750 und 850 n. Chr. in den Wäldern westlich des Lechs und der Wertach niederließen um hier mit Rodungen das Land urbar zu machen.
Diesen Mönchen ist wahrscheinlich auch der Name des Ortes zu verdanken, denn aus dem lateinischen "Monasterium" (Kloster) ging im Lauf der Jahrhunderte der Name "Münster" hervor. Allerdings sind von diesem Kloster keine Reste mehr erhalten, lediglich auf dem Platz an dem das Kloster stand ist heute eine andere Sehenswürdigkeit zu bewundern.
Die Münsterer Kirche die dem heiligen St. Benedikt und St. Sylvester geweiht ist gehört zu den wenigen spätgotischen Gotteshäusern in Süddeutschland, die als solche noch erhalten sind.