Das Münster ist eines der Wahrzeichen Bonns.

Vorgeschichte
Die Kirche wurde im 11. Jahrhundert an einem Ort in Bonn errichtet, an dem sich schon in einer Zeit, bevor die ersten Christen an den Rhein kamen, Heiligtümer befanden. Darauf weisen die hier gefundenen Altäre für die aufanischen Matronen und für andere Götter hin. In diesem Bereich befand sich ebenfalls eine römische cella memoriae, eine Toten-Gedenkstätte.
Aus frühchristlicher Zeit stammt die Legende, dass sich an diesem Ort die Gräber der Märtyrer Cassius und Florentius befanden. Als Soldaten der Thebäischen Legion sollen sie während der Christenverfolgung den Märtyrertod erlitten haben. Zum Gedenken an diese Legende findet man heute von Iskender Yediler gestaltete Skulpturen der Köpfe der beiden Stadtheiligen vor der Ostapsis des Münsters. Helena Augusta – die "Heilige Helena" – soll es dann gewesen sein, die über den Gräbern und über der cella memoriae eine Kirche errichtet hat. Das Gebäude wurde in den 70er Jahren des 4. Jahrhunderts abgerissen und über der Kultstätte wurde eine Saalkirche gebaut, die 13,70 m lang und 8,80 m breit war. Bei diesem Neubau wurden römischen Altäre als Baumaterial verwendet.
Um 780 wurde die Kirche erneuert und erweitert. An ihrer Nordseite wurden Überreste von Wohngebäuden gefunden, in denen Geistliche wohnten, die die Pilger zu den Märtyrergräber betreuten. Das Stift wurde nach nach einem der Märtyrer, nach Cassius benannt.
Architektur
Mit dem Bau des Münsters in seiner heutigen Form wurde im 11. Jahrhundert begonnen. Die Stiftskirche wurde abgerissen und durch einen Neubau ersetzt. Dieser Neubau war eine der ersten Kirchengroßanlagen im Rheinland. Er war eine dreischiffige Kreuzbasilika. Die Querarme, die von einer fast quadratischen Vierung ausgingen, überragten nur wenig die Seitenschiffe. Die Basilika hatte eine doppelte Choranlage: einen Langchor über einer dreischiffigen Krypta im Osten und einen Westchor ebenfalls mit Krypta. Vom Bauwerk des 11. Jh. sind außer der Gruft noch Teile der Ostkrypta und des Hochchores sowie das Westwerk erhalten.
Propst Gerhard von Are (1124–1169) ließ die Kirche um das Chorquadrat mit den bei den Flankentürmen und um die reichgegliederte Ostapsis erweitern. Dieser Erweiterungsbau konnte 1153 eingeweiht werden. Der Bautätigkeit dieses Propstes ist auch der Kreuzgang an der Südseite der Kirche zu verdanken.
Gegen Ende des 12. Jh. wurde das Chorhaus mit Kreuzrippengewölben versehen und um 1200 wurden die Querschiffe mit fünfseitigen Apsidenschlüssen, die Vierung und ein achteckiger, von einem gefälteten Zeltdach gekrönter Vierungsturm erbaut. 92 Meter ist dieser Turm heute hoch. Er trägt einen Spitzhelm aus dem 16. Jahrhundert. Zu Beginn des 13. Jh. wurde das Langhaus neu aufgeführt, wobei die Seitenschiffe verbreitert und die Westapsis neu gestaltet wurden. Die genaue Datierung der Neuaufführung des Langhauses ist unter Kunsthistorikern umstritten und variiert zwischen den Jahren 1220 bis 1240; auf letztgenanntes Jahr deutet die einzige plausible Quelle aus der Chronik des Klosters Floreffe hin, die eine Zerstörung des alten Langhauses durch Brand im Jahr 1239 festschreibt.
1583 - 1589 und 1689 wurde das Münster erheblich zerstört. 1883–1889, 1934 und nach Bombenschäden im 2. Weltkrieg wurde es restauriert.
Enthält das Kirchengebäude romanische und gotische Stilelemente, so überwiegen bei der Ausstattung barocke Stilelemente. Sehenswert im Innern sind zwei Altäre aus Marmor (17. und 18. Jahrhundert), die Bronzestatue der Heiligen Helena, das Sakramenthäuschen, der Kreuzgang und die Krypta. Der in der Krypta zu besichtigende Schrein ist neueren Datums, die historischen Schreine sind nicht erhalten. Sie wurden im Truchsessischen Krieg geraubt.
Krönungsstätte
Am 26. November 1346 wurde im Bonner Münster Karl IV. zum König gekrönt. Die Kurfürsten von Köln, Mainz und Trier hatten ihn zum Gegenkönig gegen Ludwig den Bayern gewählt. Das war die zweite Krönung eines deutschen Königs im Münster. 1314 war Friedrich der Schöne gekrönt worden, ebenfalls als Gegenkönig gegen Ludwig den Bayern. Doch Friedrich der Schöne hatte sich nicht durchsetzen können. Am 28. September 1322 wurde er bei Mühldorf am Inn von Ludwig besiegt. Demgegenüber war Karl IV. einer der bedeutensten Könige und Kaiser des Mittelalters.
Grabstätte
folgende Personen wurden im Bonner Münster beigesetzt:
- Engelbert II. von Falkenburg, * um 1220; † 20. Oktober 1274 in Bonn, war der 56. Erzbischof von Köln von 1261–1274
- Heinrich II. von Virneburg, * 1282; † 5. Januar 1332, war von 1304–1332 Erzbischof des Erzbistums Köln