Boris Trajkovski (Борис Трајковски auf Kyrillisch) (* 25. Juni 1956 in Strumica, Mazedonien; † 26. Februar 2004 nahe Stolac, Bosnien-Herzegowina) war ein mazedonischer Politiker und vom 15. Dezember 1999 bis zu seinem Tod Präsident der ehemaligen jugoslawischen Republik Mazedonien. Er trat damit die Nachfolge von Krio Gligorow an. Er war Mitglied der mazedonischen Partei VMRO-DPMNE, die nach Selbstauskunft einer christdemokratischen Tradition folgt und gehörte der evangelisch-methodistischen Kirche an.
Nach seinem Jura-Studium 1975-1980 an der Universität Skopje arbeitete er zuerst als Hausjurist eines Unternehmens und amtierte vor seiner Präsidentschaft 1998 bis 1999 als Staatssekretär im mazedonischen Außenministerium.
Bei den Präsidentschaftswahlen am 14. November 1999 schlug Trajkovski seinen Herausforderer Tito Petkowski mit 52% der Stimmen gegenüber 45%. Trajkovski sollte sein Amt zunächst am 19. November antreten. Einsprüche gegen gegen die Wahlergebnisse verzögerten aber die Aufnahme der Geschäfte. Bis die Einsprüche abgewiesen wurden, überbrückte Parlamentspräsident Savo Klimowski als kommissarischer Präsident einen Monat.
In Trajkovskis Amtszeit fielen ethnische Konflikte mit den albanischen Bevölkerungsanteilen Mazedoniens, wobei Trajkovski eine vermittelnde Rolle spielte.
Am 26. Februar 2004 meldeten Nachrichtensendungen, dass das Flugzeug mit dem an Bord befindlichen Präsidenten abgestürzt sei. Trajkovski befand sich auf dem Weg nach Mostar. Dort wollte er an einer Wirtschaftskonferenz teilnehmen. Zwei Stunden nach den ersten Meldungen bestätigte der irische Ministerpräsident Bertie Ahern, der sich als Kongressleiter in Mostar aufhielt, die Meldungen über den Tod Trajkovskis. Bei dem Absturz kamen insgesamt sieben Menschen um.
Trajkovski war verheiratet und hinterlässt einen Sohn und eine Tochter.