Der Myōshin-Ji (jap. 妙心寺) (Shobozan Myōshin-ji) ist der Haupttempel der mit Abstand größten der 15 Schulen der Rinzai-Linie des japanischen Zen und damit Bezugspunkt für 19 Klöster und 3500 Tempel. Die im Nordwesten von Kyoto gelegene Anlage vereinigt innerhalb ihrer Mauern 47 Sub-Tempel und einige außerhalb der Mauern.
Ursprünglich von Kaiser Hanazono als Palast errichtet, wurde die Anlage 1342 vom Zen-Meister Kanzan-Egen Zenji (1277-1360), gefördert durch den ehemaligen Kaiser, der sich nach seiner Abdankung ins Klosterleben zurückgezogen hatte, bald zu einer der größten Tempelanlagen Kyotos (Der etwas peripher gelegene Stadtteil ist seit 1931 Teil von Kyoto. Bahnstation Hanazono). Nach der Zerstörung der meisten Gebäude und Gartenanlagen im Ōnin-Krieg (1467-1477) wurde die Tempelanlage vom Zen-Meister Sekko-Soshin Zenji (1408-1486), dem 6. Kancho des Tempels wieder aufgebaut und gewann rasch wieder an Größe und Einfluss. Innerhalb von 150 Jahren hatte die Anlage das heutige Ausmaß erreicht.
Neben einigen besonders sehenswerten Gartenanlagen, wie die des Sub-Tempels Taizo-in, sind ein Drachengemälde (12,5 m in der Diagonale) von Tanyu aus dem 17. Jh. an der Decke der Vortragshalle (Hatto Gebäude)und die älteste erhaltene Glocke Japans (Ende 7. Jahrhundert) zu besichtigen. Berühmt ist auch das 400 Jahre alte Dampfbad.
Im Myōshin-Ji (Hōjō-Gebäude) residiert auch der Kancho, der Erzabt der Myōshin-Ji Linie der Rinzai-shū.
Unweit des Tempels befinden sich auch die einzige Universität der Rinzai-shū, die Hanazono University, sowie die Hanazono High School und der Rakusai Kindergarten.