Der Ausdruck autochthon (von altgriechisch αὐτός (autós = selbst) und χθών (chthón = Erde), also etwa „bodenständig“, „eingeboren“ oder „alteingesessen“) bezeichnet:
- in der Sozio- und Ethnologie die ursprüngliche Bevölkerung eines Gebietes, die Ureinwohner eines Landes und deren im Land und mit anderen Völkern unvermischt gebliebene Nachkommen.
- in der griechischen Mythologie einen Bruder des Atlas
- In der Biologie und Ökologie versteht man unter autochthonen Arten Lebewesen, die sich durch die Prinzipien der Ökologie von alleine in einem Gebiet angesiedelt haben, „heimische Arten“. Das Gegenteil dazu sind allochthone Arten, die sich maßgeblich erst durch die Kulturtätigkeit des Menschen verbreitet haben. Autochthone Arten die nur in einem bestimmten Gebiet vorkommen werden auch endemisch genannt.
- In der System-Ökologie versteht man unter autochthonen Teilen der Nahrungskette solche, die im Ökosystem auf der Basis der Primärproduktion entstanden sind, im Gegensatz zu allochthonen von außerhalb hereingetragenen oder eingedrungenen.
- In der Geologie Gesteine, die an Ort und Stelle entstanden, beispielsweise abgelagert worden sind. Dagegen sind allochthone Gesteine zu diesem Ort verfrachtet worden.
- Auch in der Sprachwissenschaft wird der Begriff (analog) benutzt.
Gegensatz: allochthon: an anderer Stelle entstanden (gr. aλλος, állos = fremd, verschieden, anders)