Hier sind die deutschen Museen nach ihren thematischen Schwerpunkten sortiert.
Siehe auch: Liste deutscher Museen nach Orten, Freilandmuseum
- Haus der Geschichte (Bonn)
- Römisch-Germanisches Museum (Köln)
- Germanisches Nationalmuseum (Nürnberg)
Regional
- Bayerisches Nationalmuseum (München)
- Egerlandmuseum (Marktredwitz)
- Fichtelgebirgsmuseum (Wunsiedel)
- Museum für Sächsische Volkskunst (Dresden)
- Niedersächsisches Landesmuseum (Hannover)
- Rheinisches Landesmuseum (Trier)
- Stiftlandmuseum (Waldsassen)
- Landesmuseum in Schloss Gottorf (Schleswig)
- Landesmuseum für Vorgeschichte (Dresden)
- Vogtlandmuseum Plauen (Plauen)
- Westfälisches Museum für Archäologie (Herne)
Stadt
- Berlinmuseum (Berlin)
- Städtisches Museum (Trier)
- Stadtmuseum Dresden (Dresden)
- Stadtmuseum Ingolstadt (Ingolstadt)
- Museum zur Dresdner Frühromantik (Dresden)
- Ägyptisches Museum (Charlottenburg, Berlin)
- Museum für Völkerkunde (Dahlem, Berlin)
- Pergamonmuseum (Berlin)
- Bodemuseum (Berlin)
- Rautenstrauch-Joest Museum (Kultur und Kunst außereuropäischer Völker) (Köln)
- Staatliches Museum für Völkerkunde Dresden (Dresden)
Justiz
- Gedenkstätte Münchner Platz Dresden (Dresden)
Kirchen
- Bischöfliches Dom- und Diözesanmuseum (Trier)
- Suermondt-Ludwig-Museum (Aachen)
- Gemäldegalerie im Kulturforum (Berlin)
- Neue Nationalgalerie (Berlin)
- Sammlung Berggruen (Berlin)
- Museum Bochum - Kunstsammlung (Bochum)
- Kunstmuseum Bonn (Bonn)
- Gemäldegalerie Alte Meister (Dresden)
- Gemäldegalerie Neue Meister (Dresden)
- Kunstgewerbemuseum Schloss Pillnitz (Dresden)
- Universitätssammlung Kunst + Technik der Technischen Universität Dresden (Dresden)
- Museum Folkwang im Museumszentrum Essen
- Kunsthalle Schirn (Frankfurt am Main)
- Museum für moderne Kunst (Frankfurt am Main)
- Städelsches Kunstinstitut (Frankfurt am Main)
- Museum für Kunsthandwerk (Frankfurt am Main)
- Kunsthalle (Hamburg)
- Sprengel-Museum (Hannover)
- Museum für konkrete Kunst (Ingolstadt)
- Staatliche Kunsthalle (Karlsruhe)
- Zentrum für Kunst- und Medientechnologie (ZKM) (Karlsruhe)
- Gemäldegalerie Alte Meister (Kassel)
- Museum für Angewandte Kunst (Köln)
- Wallraf-Richartz-Museum (Köln)
- Museum für Ostasiatische Kunst (Köln)
- Alte Pinakothek (München)
- Neue Pinakothek (München)
- Pinakothek der Monderne (München)
- Kunstmuseum (Schloss Nörvenich)
- Nolde-Museum Seebüll
- Staatsgalerie Stuttgart (Stuttgart)
- Märkisches Museum Witten
- Von-der-Heydt-Museum (Wuppertal)
- Kupferstich-Kabinett (Dresden)
Schatzkammern
Skulpturen
- Skulpturensammlung (Dresden)
Theater
- Puppentheatersammlung (Dresden)
- Naturkundemuseum (Berlin)
- Haus der Natur - Waldinformationszentrum (Bonn)
- Staatliche Naturhistorische Sammlungen Dresden (Dresden)
- Naturkundemuseum (Erfurt)
- Naturmuseum Senckenberg (Frankfurt am Main)
- Meereskundemuseum (Stralsund)
- Apothekenmuseum Cottbus (Cottbus)
- Apothekenmuseum Leipzig (Leipzig)
- Apothekenmuseum Heidelberg (Heidelberg)
- Deutsches Medizinhistorisches Museum (Ingolstadt)
Hygiene
- Carl Maria von Weber Museum (Dresden)
- Erich - Kästner - Museum (Dresden)
- Gleimhaus (Halberstadt)
- Goethehaus (Weimar)
- Hebbelmuseum (Wesselburen)
- Karl-Marx-Haus (Trier)
- Kleist-Museum (Frankfurt (Oder))
- Lutherhaus (Wittenberg)
- Marieluise-Fleißer–Dokumentationsstätte (Ingolstadt)
- Schiller-Nationalmuseum (Ludwigsburg)
- Sisi Museum (München)
- Deutsches Technikmuseum (Berlin)
- Deutsches Museum (München)
- Mathematisch-Physikalischer Salon (Dresden)
- Museum für Astronomie und Technikgeschichte mit Planetarium in der Orangerie (Kassel)
- Technische Sammlungen der Stadt Dresden (Dresden)
Druck- und Verlagswesen
- Buchmuseum (Dresden)
- Gutenbergmuseum (Mainz)
- Internationales Zeitungsmuseum (Aachen)
- Lichtdruck-Werkstatt-Museum (Dresden)
- Schatzkammer der Stadtbibliothek Trier (Trier) (Handschriften, Gutenbergbibel, Coronelli-Globen, Karten, Glasmalerei)
- Werkstätten und Museum für Druckkunst Leipzig
- Bauergerätemuseum Ingolstadt (Ingolstadt)
- Kleinbauernmuseum Reitzendorf (Dresden)
- Rüstkammer (Dresden)
- Militärhistorisches Museum der Bundeswehr Dresden (Dresden) (ehm. Armeemuseum)
- Bayerisches Armeemuseum (Ingolstadt)
- Musikinstrumentenmuseum (Marktneukirchen)
- Glockenmuseum Apolda (Apolda in Thüringen)
- Glockenmuseum Herrenberg (Herrenberg,Baden-Württemberg)
- Deutsches Porzellanmuseum (Hohenberg a.d. Eger)
- Porzellansammlung (Dresden)
- Keramikmuseum in Frechen
- Internationales Keramik-Museum (Weiden in der Oberpfalz)
- Verkehrsmuseum (Dresden)
- Automobilmuseum Dresden (Dresden), Schwerpunkt IFA
- Automobilmuseum Fichtelberg
- Mercedes-Benz-Museum (Stuttgart)
- museum mobile (Audi) (Ingolstadt)
- BMW-Museum (München)
- DGEG Eisenbahnmuseum (Bochum-Dahlhausen)
- Eisenbahnmuseum (Nürnberg)
- [Zechenbahnen] Witten
Luftfahrt
- Flugausstellung Hermeskeil (Hermeskeil)
- Schifffahrtssmuseum mit eigener Museumswerft (Flensburg)
Zweirad
- Fahrradmuseum (Dresden)
Sonstiges
- Deutsches Zollmuseum (Hamburg)
- Bayerisches Polizeimuseum (in Planung) (Ingolstadt)
- Hugenotten-Museum in Bad Karlshafen
- Münzkabinett (Dresden)
- Zentrum für Außergewöhnliche Museen (München)
- Osterhasen Museum
- Parfumflakon Museum
- Schutzengel Museum
- Steuermuseum (Finanzgeschichtliche Sammlung der Bundesfinanzakademie, seit 1995) in Brühl
- Museum für Alltagsgeschichte in Brühl
- Nissen-Haus (Husum) - Benannt nach dem Gründer. Museum für Deichbau und Deutsche Auswanderung.
Spielzeug
- Deutsches Spielzeugmuseum (Sonneberg)
- Erzgebirgisches Spielzeugmuseum Seiffen (Seiffen)
- Spielzeugmuseum Ingolstadt (Ingolstadt)
- Spielzeugmuseum Nürnberg (Nürnberg)
- Spielzeugmuseum Trier (Trier)
- Tretauto Museum (München)
(unsortiert)
- Bomann-Museum, Celle
- Grassimuseum (Leipzig)
- Reichstagsmuseum (Regensburg)
- Vitra Design Museum (Weil am Rhein)
- Bauhaus-Museum (Weimar)
- Alf-Lechner–Museum (Ingolstadt)
- Außenstelle „Abteilung Erster Weltkrieg”
- Heimatmuseum Niemes-Prachatitz (Ingolstadt)
- Kraszewski - Museum (Dresden)
- Dresdner Schloss (Dresden)