Ausscheidung (auch: Exkretion, lat.: excernere - ausscheiden) ist ein biologischer Prozess, bei dem überflüssige oder giftige Stoffe (Exkremente) aus dem Organismus abgesondert werden.
Bei Säugetieren sind beispielsweise die beiden Hauptausscheidungsprozesse die Bildung von Urin (auch Harn) in den Nieren und die Bildung von Fäkalien im Darm. Die Abfallstoffe werden durch das Urinieren bzw. den Stuhlgang ausgeschieden.
Obwohl Urin und Fäkalien Abfallstoffe körperlicher Prozesse sind, gehören sie zu völlig verschiedenen Körpersystemen. Der Urin ist ein Abfallstoff des Harn- und Geschlechtsapparats, während die Fäkalien Abfallstoffe des Verdauungssystems sind. Fäkalien können aus ungefähr ein Drittel Bakterien bestehen, wovon die meisten im Darm noch harmlos bis nützlich, aber ansonsten gefährlich sind. Fäkalien können auch virulente und sogar tödliche Krankheitserreger in Form von Bakterien, Viren, Amöben und verschiedenen parasitischen Würmen beherbergen. Urin enthält dagegen überflüssiges Wasser, Salz und Proteinabfall in Form von Harnstoff als Harnsäure und nur selten Krankheitsserreger.
Wer sich ohne genügend Wasser und in Gefahr eines Hitzschlages wegen fehlender Transpiration befindet, kann bedenkenlos seine Kleidung mit Urin befeuchten, um die Abkühlung zu fördern. Es ist jedoch nutzlos zu versuchen, Urin (oder auch Salzwasser) zu trinken, da der Körper mehr Wasser braucht um das Salz auszuscheiden, als in der Flüssigkeit enthalten ist. Einige Seevögel können effizient überflüssiges Salz durch die Tränenkanäle ausscheiden und daher ohne Schaden Seewasser trinken.
Bei Insekten werden metabolische Abfallstoffe mittels eines Systems Malpighischer Gefäße ausgeschieden. Metabolischer Abfall diffundiert oder wird aktiv in das Gefäß transportiert, das die Abfollstoffe in den Darm leitet. Der metabolische Abfall wird dann zusammen mit den Fäkalien ausgeschieden.
Weitere Wege der Ausscheidung sind die Lunge (Abatmung) und die Haut und ihre Schweiß- und Talgdrüsen (Evaporation).