Fossile Funde aus Ostafrika lassen vermuten, dass in diesem Gebiet schon vor 20 Millionen Jahren Vormenschen lebten. Aktuelle Funde in der Nähe Kenias weisen darauf hin, dass der Homo habilis und der Homo erectus vor 2,6 Millionen Jahren in Kenia lebten.
Kuschitischsprachige Völker aus Nordafrika kamen ungefähr 2000 v. Chr. ins Gebiet des heutigen Kenias. Arabische Händler kamen ab dem ersten nachchristlichen Jahrhundert regelmäßig an die Küste Kenias. Die Nähe zur Arabischen Halbinsel begünstigte die Kolonisation. Im achten Jahrhundert gab es bereits viele arabische und persische Siedlungen entlang der Küste. Im Verlauf der ersten Jahrtausends n. Chr. kamen Nolitisch- und Bantusprachige Völker in die Region. Zweitere bilden heute ungefähr drei Viertel der Bevölkerung Kenias.
Swahili, eine Mischung aus Bantu und Arabisch, entwickete sich als eine Lingua Franca für den Handel zwischen den verschiedenen Völkern. Durch die Ankunft der Portugiesen im 16. Jahrhundert wurde die arabische Vorherrschaft an der Küste eingeschränkt. 1698 eroberte der arabische Oman das Gebiet. Das Vereinte Königreich begann im 19. Jahrhundert seinen Einfluss zu verstäken.
Die Geschichte Kenias als Kolonie beginnt 1885 mit einem deutschen Protektorat über die Besitzungen an der Küste des Sultans von Zanzibar. 1888 kam die British East Africa Company nach Kenia. Deutschland übergab seine küstennahen Gebiete 1898 an die Briten.
1895 gründete die britische Regierung das Ostafrikanische Protektorat und gab 1902 das fruchtbare Bergland zur Besiedlung durch Weiße frei. 1928 wurde Kenia offiziell zur Kronkolonie. Afrikanern war es bis 1944 nicht möglich, direkt an der Politik teilzunehmen.
Vom Oktober 1952 bis Dezember 1959 war Kenia wegen des Aufstands der Mau Mau im Ausnahmezustand. Die ersten direkten Wahlen, an denen auch Afrikaner teilnahmen, fanden 1957 statt.
Entgegen den Hoffnungen der Briten, die Macht an eher gemäßigte afrikanische Widersacher übergeben zu können, war es die KANU (Kenya African National Union) von Jomo Kenyatta, einem Mitglied des großen Kĩkũyũ-Stamms und Ex-Häftling, die eine Regierung bildete. Dies geschah kurz vor der Unabhängigkeit Kenias am 12. Dezmeber 1963. Ein Jahr später wurde Kenyatta der erste Präsident der Republik Kenia.
Nach Kenyattas Tod am 22. August 1978 wurde der damalige Vizepräsident Daniel arap Moi der neue Präsident. Nachdem Moi im Dezember 2002 nicht mehr antreten durfte, versuchte er Uhuru Kenyatta, den Sohn des ersten Präsidenten, zum Präsidentenamt zu verhelfen, was ihm aber nicht gelang. Stattdessen wurde Mwai Kibaki, Mois früherer Vizepräsident, der neue Präsident.