Der Begriff der Befehlsverweigerung ist inzwischen durch den der Gehorsamsverweigerung ersetzt worden. Begrifflich würde eine Befehlsverweigerung den Befehlshaber, der sich weigert, einen Befehl zu geben, treffen und nicht denjenigen, der den Befehl ausführt.
Die (ehemalige) Befehlsverweigerung kann nach deutschem Recht als Fahnenflucht nach § 16 Wehrstrafgesetz (WStG) oder als Gehorsamsverweigerung (§ 20 WStG) strafbar sein. Auch das leichtfertige Nichtbefolgen eines Befehls, aufgrunddessen eine schwere Folge eintritt, reicht für die Strafbarkeit gemäß § 21 WStG aus.
Die gemeinschaftliche Gehorsamsverweigerung fällt unter den Tatbestand der Meuterei nach § 27 WStG. Bereits die Verabredung zur Gehorsamsverweigerung (Verabredung zur Unbotmäßigkeit) ist gemäß § 28 WStG strafbar.
Erfolgt die Gehorsamsverweigerung aufgrund eines offensichtlich rechtswidrigen Befehls, so ist das Verhalten des Soldaten nicht strafbar.