Die Pflanzenchemie im naturwissenschaftlichen Sinn ist ein Teilbereich der Biochemie bzw. der Botanik, der sich mit der Erforschung der chemischen Inhaltsstoffe der Pflanzen befasst. Als solcher ist die Pflanzenchemie auch unter dem Begriff Phytochmie bekannt.
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Die Anfänge der Pflanzenchemie gehen neben anderen auf die botanischen Untersuchungen Johann Wolfgang von Goethes Ende der 1790er Jahre zurück, in denen er unter anderem seine botanischen Untersuchungen mit seinen Arbeiten zur Farbenlehre verknüpfte.