Die Paulikianer waren eine armenische christliche Sekte, die erstmals auf einer Synode in Dowin 718 erwähnt und dort ins 7. Jahrhundert zurückdatiert wird. Nach der Beschreibung bei Petros Sikeliotes und Photios (9. Jahrhundert) handelt es sich um eine dualistische Sekte, die das Alte und Teile des Neuen Testaments, Taufe, Eucharistie und Ehe, sowie Hierarchie und Bilderverehrung verwarf. Die Christologie soll gnostische Züge getragen haben.
Gründer oder Organisator der Sekte war ein gewisser Konstantin der Armenier, der Name leitet sich jedoch von Paulus her, der bei ihnen besondere Verehrung genoss.
Im 9. Jahrhundert wurden sie von den byzantinischen Kaisern verfolgt, woraufhin sie sich mit dem islamischen Emir von Melitene verbündeten. Zeitweilig gelang es ihnen, ganz Anatolien zu bedrohen. 872 wurden sie geschlagen, danach wurde der größte Teil nach Thrakien umgesiedelt.
In Verschwörungstheorien wird häufig die Linie Manichäer - Paulikianer - Bogomilen - Katharer behauptet, die was Einzelverbindungen betrifft, schon von den jeweiligen Zeitgenossen angenommen wurde. Nach einem Bericht des Petros Sikeliotes, der 868-869 bei ihnen gelebt hat, haben die Paulikianer jedoch die Schriften Manis verworfen und ihr Gründer Konstantin habe Markions Evangelium und Paulusbriefsammlung von einem Diakon der markionitischen Kirche in Syrien übernommen. Die Bogomilen sind weitgehend unabhängig, wenn auch nur kurz nach der Umsiedlung der Paulikianer, entstanden. Soweit Kontakte zwischen den Gruppen bestanden haben beschränken sie sich jeweils auf die Übernahme von einzelnen Schriften. Eine Gegenkirche anzunehmen, die über die Grenzen der einzelnen Sekten hinweg Personaltradition bewahrt hat, ist reine Spekulation.