Liste der Flüsse in Bayern

Donau
- rechte Nebenflüsse
  - Iller
    - Rottach
    - Ostrach
    - Breitach
    - Trettach
      - Oy-Bach
    - Stillach
  - Roth
  - Günz
  - Mindel
  - Zusam
  - Schmutter
  - Lech
    - Friedberger Ach
    - Halblech
    - Vils
    - Wertach
  - Paar
  - Abens
    - Ilm
  - Große Laaber
  - Isar
    - Sempt
    - Ammer fließt in den Ammersee
    - Amper entspringt im Ammersee
      - Glonn
      - Würm (Bayern)
    - Loisach
      - Partnach
      - Hammersbach
    - Jachen
    - Rißbach
    - Leutascher Ache
  - Vils
  - Wolfach
  - Inn
    - Rott
      - Altbach
      - Gambach
      - Mertseebach
      - Bina
    - Salzach
      - Saalach
      - Berchtesgadener Ache
        Ramsauer Ache
        Wimbach
    - Alz
      - Traun
    - Isen
    - Mangfall
    - Brandenberger Ache
      - Valepp
- Linke Nebenflüsse
  - Wörnitz
  - Altmühl
  - Schwarze Laaber
  - Naab
    - Vils
  - Regen
  - Kinsach
  - Bogen-Bach
  - Schwarzach
  - Kleine Ohe
  - Gaißa
  - Ilz
  - Erlau
  - Ranna
Main
- Quellflüsse
  - Weißer Main
  - Roter Main
- Rechte Nebenflüsse
- Linke Nebenflüsse
  - Weismain
  - Tauber
  - Regnitz
    - Rednitz/Pegnitz (fließen in Fürth zusammen und bilden von da an die Regnitz)
    - Wiesent
    - Aisch
Chiemseezuflüsse
- Tiroler Ache
- Prien
Tegernseezuflüsse
- Weißach
- Rottach
Sächsische Saale
- Regnitz
- Selbitz