In dieser Liste sind in Deutschland tätige Eisenbahngesellschaften enthalten. Sie erhalten ihre Betriebsgenehmigung vom Eisenbahnbundesamt, soweit sie Eisenbahnen des Bundes oder nichtbundeseigene Eisenbahnen mit Sitz im Ausland sind. Alle anderen nichtbundeseigenen Eisenbahnen werden von den jeweils zuständigen Behörden der Länder genehmigt, in denen sie ihren Sitz haben.
Der größte Teil des Streckennetzes gehört der DB Netz, einem Subunternehmen der Deutschen Bahn AG - dieser Umstand ist ein Relikt aus Zeiten des Monopols der Deutschen Bundesbahn und der Deutschen Reichsbahn. Die Bahnhöfe und Haltepunkte am Streckennetz der DB Netz werden von der DB Station&Service betrieben. Nicht aufgeführt in dieser Liste sind Museumseisenbahnen.
Es muss unterschieden werden in Eisenbahninfrastukturunternehmen und Eisenbahnverkehrsunternehmen, dazu siehe unter Privatbahn.
Gesellschaften der Deutschen Bahn AG
- DB Fernverkehr, vormals DB Reise & Touristik (Personenfernverkehr)
- DB AutoZug (Internationaler Autoreiseverkehr und Deutscher Nachtzugverkehr unter der Marke DB NachtZug)
- CityNightLine (CNL) (Internationaler Nachtverkehr)
- Metropolitan (Personenfernverkehr)
- DB Regio (Personennahverkehr)
- DB Regio Allgäu - Sitz in Kempten
- DB Regionalbahn Rhein-Ruhr GmbH
- S-Bahn Hannover (S-Bahnverkehr in Hannover)
- S-Bahn München GmbH (S-Bahnverkehr in München)
- Usedomer Bäderbahn (UBB) (Personennahverkehr in Vorpommern)
- Railion Deutschland, vormals DB Cargo (Güterverkehr)
- Thalys International (Internationaler Fernverkehr, Zusammenarbeit mit weiteren europäischen Gesellschaften)
- DB Stadtverkehr GmbH
Gesellschaften der Connex-Gruppe mit Schienenverkehr
- Connex Verkehr GmbH (Personennahverkehr)
- Bayerische Oberlandbahn (BOB)
- Harz-Elbe-Express (HEX) (Ab Dezember 2005)
- Lausitzbahn (LB)
- Niederbarnimer Eisenbahn AG (NEB) (Ab Dezember 2005)
- Nord-Ostsee-Bahn (NOB) (Ab Dez. 2005 mit Marschbahn)
- NordWestBahn (NWB) (Niedersachsen, Bremen, Nordrhein-Westfalen)
- Ostmecklenburgische Eisenbahn (OME)
- Ostseebahn GmbH (Kein Verkehr)
- Rheinisch-Bergische Eisenbahn
- Schöneicher-Rüdersdorfer Straßenbahn GmbH (SRS)
- Verkehrsgesellschaft Görlitz GmbH (VGG) (Straßenbahn)
- Württembergische Eisenbahn-Gesellschaft
Unter der Marke InterConnex wird auch Personenfernverkehr angeboten.
Weitere Tochtergesellschaften der Connex Verkehr GmbH betreiben Omnibuslinien vor allem im Stadtverkehr.
- Connex Cargo Logistics GmbH (Güterverkehr)
- Bayerische Cargo Bahn (BCB)
- Dortmunder Eisenbahn GmbH (DE) (ab 1.7.2004)
- Farge-Vegesacker Eisenbahngesellschaft (FVE)
- Hörseltalbahn GmbH (HTB)
- Industriebahngesellschaft Berlin (IGB)
- NeCoss (Neutral Container Shuttle System)
- Nord-Ostsee-Bahn (NOB)
- NordWestCargo (NWC)
- Ostmecklenburgische Eisenbahn (OME)
- Regiobahn Bitterfeld (RBB)
- Rail Cargo Berlin (RCB)
- Teutoburger Wald Eisenbahn (TWE)
- Württembergische Eisenbahn-Gesellschaft
- Deutsche Eisenbahn-Gesellschaft mbH (DEG) (ehemalige Betriebsgesellschaft)
Weitere Eisenbahngesellschaften
- Ahaus-Alstätter Eisenbahn GmbH (AAE) (nur Güterverkehr)
- AKN Eisenbahn AG (AKN) (Eisenbahn Altona-Kaltenkirchen-Neumünster) (Personennah- und Güterverkehr)
- Allgäu-Express (ALEX) (Betreiber der Interregio-Nachfolgezüge München - Oberstdorf; Gemeinschaftsunternehmen der Regentalbahn und EuroThurbo)
- Albtal-Verkehrs-Gesellschaft mbH (AVG) (Regionalstadtbahn-Betrieb und Güterverkehr in der Region Karlsruhe)
- Angeln Bahn GmbH
- Anhaltische Bahn GmbH (Dessau)
- Ankum-Bersenbrücker Eisenbahn GmbH (nur Güterverkehr)
- Aschaffenburger Hafenbahn
- Augsburger Localbahn GmbH (AL) (nur Güterverkehr)
- Bahnbetriebsgesellschaft Stauden mbH (Augsburg)
- Bahnen der Stadt Monheim GmbH (BSM) (nur Güterverkehr)
- Bahngesellschaft Waldhof AG (Mannheim)
- BEHALA Berliner Hafen- und Lagerhausbetriebe (nur Güterverkehr)
- Bentheimer Eisenbahn AG (BE) (nur Güterverkehr)
- Bodensee-Oberschwaben-Bahn GmbH & Co. KG (BOB)
- Borkumer Kleinbahn und Dampfschiffahrt GmbH
- Breisgau-S-Bahn
- Bremen-Thedinghauser Eisenbahn GmbH (BTE) (nur Güterverkehr)
- Bremische Hafeneisenbahn
- BVO Bahn GmbH (Schmalspurbahnen in Sachsen)
- Burgenlandbahn GmbH (DB-Tochter)
- Butzbach-Licher Eisenbahn AG
- City-Bahn Chemnitz GmbH
- Delmenhorst-Harpstedter Eisenbahn GmbH (DHE) (nur Güterverkehr)
- Deutsche Regionaleisenbahn GmbH
- Döllnitzbahn GmbH (Mügeln)
- Dortmund-Märkische Eisenbahn GmbH (DME) (bis 11.12.2004)
- duisport rail GmbH
- Eisenbahn und Häfen GmbH (Güterverkehr im Ruhrgebiet)
- Eisenbahnbau- und Betriebsgesellschaft Pressnitztalbahn mbH (Press) (nur Güterverkehr)
- Eisenbahnen und Verkehrsbetriebe Elbe-Weser GmbH (Personennah- und Güterverkehr)
- Eisenbahn und Häfen GmbH (Duisburg)
- Eisenbahnbetriebe Mittlerer Neckar GmbH (EMN) (Kornwestheim)
- Emsländische Eisenbahn GmbH (nur Güterverkehr)
- Erfurter Industriebahn GmbH (EIB) (Personen- und Güterverkehr)
- Erms-Neckar-Bahn Eisenbahninfrastruktur AG(Bad Urach)
- EUREGIO Verkehrsschienennetz GmbH (Stolberg)
- Euregiobahn (Infrastruktur und Marke im Personenverkehr)
- Eurobahn Rhenus Keolis GmbH & Co KG (Personennahverkehr in Niedersachsen, Nordrhein-Westfalen, Rheinland-Pfalz und Sachsen)
- Flensburg-Express (FLEX) (Personenfernverkehr in Norddeutschland, Insolvenz 2003)
- Frankfurt-Königsteiner Eisenbahn AG
- Freiberger Eisenbahngesellschaft mbH
- Georg Verkehrsorganisation GmbH (GVG) (Internationaler Nachtverkehr)
- Georgsmarienhütten-Eisenbahn und Transport GmbH
- Groß Bieberau-Reinheimer Eisenbahn GmbH (nur Güterverkehr)
- Häfen und Güterverkehr Köln AG (HGK) (nur Güterverkehr)
- Hafen- und Bahnbetriebe der Stadt Krefeld (nur Güterverkehr)
- Hamburger Hafenbahn
- Harzer Schmalspurbahnen GmbH (HSB)
- Hellertalbahn GmbH (Personennahverkehr in Rheinland-Pfalz / Hessen / NRW
- Hessische Landesbahn GmbH (Personen- und Güterverkehr in Hessen)
- Hohenzollerische Landesbahn AG (HzL) (in Baden-Württemberg)
- Ilmebahn GmbH (ILM) (nur Güterverkehr)
- ITL Eisenbahngesellschaft mbH (Güterverkehrsleistungen, Sitz in Dresden)
- Inselbahn der Gemeinde Langeoog
- Kahlgrund Verkehrs-GmbH
- Karlsruher Verkehrsverbund (KVV)
- Karsdorfer Eisenbahngesellschaft (KEG) (DB-Tochter)
- Kassel-Naumburger Eisenbahn AG
- Kreisbahn Mansfelder Land GmbH (KML)
- Lappwaldbahn GmbH (Weferlingen)
- Märkische Eisenbahn-Gesellschaft mbH (Lüdenscheid)
- MecklenburgBahn GmbH (MEBA)
- Mecklenburgische Bäderbahn Molli GmbH & Co KG (Schmalspurbahn)
- Metronom (Personennahverkehr im Raum Hamburg)
- Mindener Kreisbahnen GmbH (MKB) (nur Güterverkehr)
- Mitteldeutsche Eisenbahngesellschaft mbH (Schkopau)
- Mittelweserbahn GmbH
- Neukölln-Mittenwalder Eisenbahn-Ges.AG (NME) (nur Güterverkehr)
- Neusser Eisenbahn
- Niederrheinische Verkehrsbetriebe AG (NIAG) (nur Güterverkehr)
- NiedersachsenBahn GmbH
- nordbahn Eisenbahngesellschaft mbH
- Norddeutsche Eisenbahngesellschaft mbH (neg)
- Nordfriesische Verkehrs-AG (NVAG) (Personennahverkehr, Insolvenz 2003)
- Nordseebahn (Personennahverkehr Bremerhaven – Cuxhaven)
- Oberrheinische Eisenbahn-Gesellschaft (jetzt MVV OEG AG) (elektrischer Betrieb)
- Ortenau-S-Bahn GmbH (Offenburg)
- Osthannoversche Eisenbahnen AG (OHE) (regionaler Güterverkehr in Niedersachsen, überregionale Verkehre)
- Osthavelländische Eisenbahn AG (OHE) (nur Güterverkehr)
- PE Arriva AG (neuer Holdingname für die nachfolgenden 3 Gesellschaften)
- Prignitzer Eisenbahn GmbH (Personenverkehr in Nordrhein-Westfalen und Brandenburg)
- Ostdeutsche Eisenbahn GmbH (Personenverkehr in Mecklenburg-Vorpommern und Brandenburg)
- PE-Cargo (Güterverkehrsgesellschaft der Prignitzer Eisenbahn)
- Regental Bahnbetriebs-GmbH (Personennahverkehr in Bayern)
- Regiobahn GmbH - Regionale Bahngesellschaft Kaarst-Neuss-Düsseldof-Erkrath-Mettmann-Wuppertal mbH (Mettmann)
- Regionalverkehr Münsterland GmbH (Rheine)
- Regionalverkehr Ruhr-Lippe GmbH (RLG) (nur Güterverkehr)
- Rhein-Haardtbahn GmbH (RHB) (Elektrischer Betrieb)
- Rhein-Sieg-Eisenbahngesellschaft mbH (Bonn)
- Rhein-Sieg-Verkehrs-GmbH (RSVG) (nur Güterverkehr)
- Rinteln-Stadthagener Verkehrs GmbH (RStV) (nur Güterverkehr)
- Rurtalbahn GmbH & Co KG (früher Dürener Kreisbahn GmbH)
- Sächsisch-Böhmische Eisenbahngesellschaft
- Sächsisch-Oberlausitzer Eisenbahn-GmbH (SOEG)
- Siegener Kreisbahn GmbH (nur Güterverkehr)
- Stadtbahn Saar GmbH
- Städtische Eisenbahn Krefeld
- Städtische Werke Krefeld AG - Krefelder Eisenbahn
- Strausberger Eisenbahn GmbH (STE) (Elektrische Straßenbahn)
- Süd-Thüringen-Bahn GmbH (STB)
- Südwestdeutsche Verkehrs AG (SWEG), ehemals Südwestdeutsche Eisenbahn-Gesellschaft (Personennahverkehr in Südbaden)
- Tegernsee-Bahn Betriebsgesellschaft mbH
- Thüringer Eisenbahn GmbH
- Thurbo (Personenverkehr am Bodensee)
- TransRegio Deutsche Regionalbahn GmbH (Personennahverkehr in Rheinland-Pfalz)
- Trossinger Eisenbahn
- vectus-Verkehrs-GmbH
- Verden-Walsroder Eisenbahn GmbH (VWE) (nur Güterverkehr)
- Verkehrsbetriebe Grafschaft Hoya GmbH (VGH) (nur Güterverkehr)
- Verkehrsbetriebe Extertal - Extertalbahn GmbH (VBE) (nur Güterverkehr)
- Verkehrsbetriebe Kreis Plön GmbH
- Verkehrsbetriebe Peine-Salzgitter GmbH
- Verkehrsgesellschaft Dormagen mbH (Industriebahn Zons-Nievenheim)
- Verkehrsgesellschaft Landkreis Osnabrück GmbH (VLO) (nur Güterverkehr)
- Verkehrsverband Hochtaunus (VHT) (Infrastrukturunternehmen)
- Vogtlandbahn GmbH (VBG) (Personennahverkehr in Sachsen, Thüringen, Bayern und dem grenznahen Böhmen; Unternehmen der Regentalbahn)
- Vorwohle-Emmerthaler Verkehrsbetriebe GmbH (VEV) (nur Güterverkehr)
- Vulkan-Eifel-Bahn Betriebsgesellschaft mbH
- Wanne-Herner Eisenbahn und Hafen GmbH
- WeserBahn GmbH
- Westerwaldbahn des Kreises Altenkirchen GmbH (WEBA)
- Westfälische Almetalbahn GmbH (Altenbeken)
- Westfälische Landes-Eisenbahn GmbH (WLE) (Güterverkehr im Raum Lippstadt in Nordrhein-Westfalen)
- Zweckverband ÖPNV im Ammertal (Tübingen)
- Zweckverband Schönbuchbahn (Dettenhausen)
- Zwckverband Verkehrsverband Wieslauftalbahn (Rudersberg)
Historische deutsche Eisenbahngesellschaften
Staats- bzw. Länderbahnen (bis 1918/19)
- Königlich Preußische Eisenbahn-Verwaltung (KPEV)
- Königlich Bayerische Staats-Eisenbahnen (K.Bay.Sts.B.)
- Königlich Sächsische Staats-Eisenbahnen (K.Sächs.Sts.E.B.)
- Königlich Württembergische Staats-Eisenbahnen (K.W.St.E.)
- Königlich Hannöversche Staatseisenbahnen (bis 1866)
- Großherzoglich Badische Staatseisenbahnen (1872-1920)
- Großherzoglich Hessische Staatseisenbahnen (1896-1920 gab es Vereinigte Preußische und Hessische Staatseisenbahnen)
- Großherzoglich Mecklenburgische Friedrich-Franz-Eisenbahn (MFFE)
- Großherzoglich Oldenburgische Staatseisenbahnen (G.O.E., 1867-1920)
- Herzoglich Braunschweigische Staatseisenbahn (bis 1870)
- Nassauische Staatsbahn (bis 1866)
- Reichseisenbahnen in Elsaß-Lothringen
- Anhaltische Leopoldsbahn (bis 1871)
- Bebra-Hanauer Eisenbahn (Kurhessische Staatsbahn)
- Frankfurt-Bebraer Eisenbahn (Preußische Staatsbahn)
- Königlich-Westfälische Eisenbahn
Weitere Staatsbahnen
- Deutsche Eisenbahn-Betriebsgesellschaft AG (DEBG)
- Eutin-Lübecker Eisenbahngesellschaft
- Filderbahn (Stuttgart und südliches Umland)
- Frankfurt-Hanauer Eisenbahn-Gesellschaft
- Frankfurter Lokalbahn AG
- Hessische Ludwigs-Eisenbahn-Gesellschaft
- Köln-Bonner Eisenbahn
- Lausitzer Eisenbahn-Gesellschaft AG (im Besitz der LAG München)
- Localbahn AG (LAG München)
- Lübeck-Büchener Eisenbahn (LBE)
- Mecklenburgische Friedrich-Wilhelm-Eisenbahn-Gesellschaft
- Müllheim-Badenweiler Eisenbahn AG
- Neuhaldensleber Eisenbahn
- Ostdeutsche Eisenbahn-Gesellschaft in Königsberg
- Prignitzer Eisenbahn AG (1884-1940)
- Steinhuder Meer-Bahn
- Taunus-Eisenbahn-Gesellschaft
Bahnen außerhalb des Reichs- oder Bundesgebietes
- Eisenbahngesellschaft für Deutsch-Ostafrika
- Otavi Minen und Eisenbahngesellschaft (OMEG, in der Kolonie Deutsch-Südwestafrika, 1900-?)
- Deutsche Reichsbahn (1920 bis 1949), von 1924 bis 1937 Deutsche Reichsbahn-Gesellschaft
- Deutsche Reichsbahn der DDR (DR, 1949 - 1993)
- Deutsche Bundesbahn (DB, 1949 - 1993)