Der Funtensee liegt 1.601 m über NN im südlichen Teil des Nationalparks Berchtesgaden. Dort befindet er sich am Rand der verkarsteten Hochfläche des Steinernen Meers.
Seine Fläche beträgt etwa 3,5 ha, die Länge der Uferlinie liegt bei etwa 780 m. Seine größte Tiefe liegt bei rund 5,30 m, die durchschnittliche Tiefe zwischen 2,50 und 3,00 m.
Der Funtensee hat keinen sichtbaren Abfluss. Am östlichen Seeufer ist an der Teufelsmühle hinter einer Felswand ein gurgelndes Geräusch, der unterirdische Abfluss des Überwassers zu hören.
Kältepol von Deutschland:
An Weihnachten 2001 registrierte die am Funtensee gelegene Station des Deutschen Wetterdienstes mit minus 45,9 °C die bislang tiefste in der BRD gemessene Temperatur; daher gilt der Funtensee als der Kältepol von Deutschland. Erklärbar ist dieser extreme Wert durch die besondere Lage des Sees:
Er ist rings von Bergen umschlossen und liegt in einem Becken. Im Winter können die Strahlen der tiefstehenden Sonne hier kaum eindringen. In der Nacht fallen zusätzlich die kalten Luftmassen der umliegen Berge in das Becken. Dadurch kann es vor allem nach Sonnenuntergang zu solchen Tiefsttemperaturen kommen. Bei einer Messung am 25. Januar 2000 wurde dort eine Temperatur von minus 45,8 °C gemessen, jedoch schon 100 Meter höher lag die Temperatur um 27 °C darüber.
Andererseits erwärmt sich dieses Becken bei sonnigem windstillem Wetter wesentlich stärker als die Umgebung. Durch diese Temperaturextreme nach oben und nach unten, findet sich dort die Besonderheit einer Baumgrenze nach unten.