Methodologie ist die Lehre von den wissenschaftlichen Methoden. Oft bezogen auf einen bestimmten Wissenschaftsbereich und nicht immer eindeutig abzugrenzen gegenüber dem Begriff Methodik. (z.B. "Methodologie in der Physik", "Methodologie der Philosophie").
Unter einer Methodologie wird, in Anlehnung an den amerikanischen Sprachgebrauch , auch eine Sammlung von Methoden verstanden, ein Methodenbündel.
Mitunter auch verwendet zur Bezeichnung des konkreten methodischen Vorgehens in einer bestimmten wissenschaftlichen Untersuchung (z.B. "Die vorliegende Studie bedient sich folgender Methodologie: ...").