Die Lincolnsee ist ein Arm des Arktischen Ozeans nördlich des Kanadisch-Arktischen Archipels und Grönland. Über die Naresstraße ist sie mit der Baffin Bay verbunden.
Im 19. Jahrhundert wurde in der Licolnsee der Beginn der eisfreien Zone des Nordpolarmeeres vermutet. Benannt ist sie nach dem 16. Präsidenten der USA, Abraham Lincoln.