Gastrektomie ist der medizinische Fachausdruck für die vollständige operative Entfernung des Magens.
Dies wird zum Beispiel bei Magenkrebs durchgeführt. Die Gastrektomie erfordert zur Wiederherstellung der Kontinuität des Verdauungstraktes die Bildung eines Ersatzmagens. Hierzu kann eine ausgeschaltete Dünndarm- oder Dickdarmschlinge benutzt werden.
Die erste erfolgreiche Gastrektomie gelang 1881 dem berühmten Wegbereiter der modernen Chirurgie Theodor Billroth.
Die Entfernung von Teilen des Magens, zum Beispiel beim Magengeschwür, bezeichnet man als Magenresektion.