Man unterscheidet staatliche (gibt es z.B. in Baden-Württemberg) und kommunale Gesundheitsämter (z.B. in Nordrhein-Westfalen, wo sie offiziell "untere Gesundheitsbehörden" heißen). Sie haben vielfältige Aufgaben im Bereich der öffentlichen Gesundheit. Unter anderem gehören dazu die Überwachung der Einhaltung hygienischer Vorschriften in bestimmten Betrieben (z.B. Krankenhäusern, Wasserversorgungsanlagen), die Durchführung von Untersuchungen für Verlängerungen einer Fahrerlaubnis ab 50 Jahren Alter, Schuleingangsuntersuchungen bei Kindern vor dem Schuleintritt, Hilfen für psychisch kranke Menschen (sozialpsychiatrische Dienste), Unterstützung von Suchtkranken und die gesundheitliche Information, Aufklärung und Beratung der Bevölkerung sowie die Unterstützung der gesundheitlichen Selbsthilfegruppen. Neue Aufgaben der Gesundheitsämter sind u.a. die Gesundheitsberichterstattung und in Nordrhein-Westfalen die im Gesetz für den Öffentlichen Gesundheitsdienst verankerten Gesundheitskonferenzen. Sie sind ein Ausdruck der Reform der Gesundheitsämter und tragen dazu bei, dass wesentliche Teile der Steuerung der gesundheitlichen Versorgung auf kommunaler Ebene möglich wird.
Gesetzliche Grundlage für die Arbeit von Gesundheitsämtern sind die in den meisten Ländern in den letzten Jahren neu verabschiedeten Landesgesundheitsgesetze. Darin werden die Rahmenvorgaben für die Arbeit der Gesundheitsämter festgelegt.