Margarethe von Babenberg (tschechisch Markéta Babenberská), (* um1205;† 2. Oktober 1267 auf der Burg Krummau war die erste Ehefrau des böhmischen Königs Přemysl Ottokar II.
Sie war die Tochter des österreichischen Herzogs Leopold VI. von Babenberg und Angela, Tochter des byzantischen Kaisers.
Bei der Hochzeit mit Ottokar II. war sie älter als ihr Schwiegervater, König Wenzel I. Zuvor war sie mit dem Sohn des Kaiser Friedrich II., Heinrich, verheiratet. Sie lebte nach dessen Tod 1242 zehn Jahre in Abgeschiedenheit. 1246, nach dem Tod des Friedrich II. erbte sie das Alpenland.
Der König Wenzel I. entschied, diese Ländereien mit seinen Erstgeborenen mittels Hochzeit zu vereinnahmen. Dieser heiratete jedoch Friedrichs Tochter Gertrude. Wenzel starb ein Jahr später und Gertrude heiratete den badischen Markgrafen Hermann. Als 1250 auch er starb, blieb das Alpenland ohne Herrscher und der österreichische Adel bot den Thron Ottokar II. an.
Voraussetzung war jedoch die Hochzeit mit der Erbin. Ottokar verweigerte die Hochzeit mit der Witwe seines Bruders und wählte die dreißig Jahre ältere Margarethe. Diese überschrieb an ihren Ehemann alle Rechte der Babenberger Ländereien. Als 50-jährige war sie aber außerstande mit ihm Erben zu zeugen. Ottokar versuchte über den Papst den unehelichen Sohn, den er mit einer von Margaarethes Zofen hatte, als rechtmässigen Nachfolger einzusetzen. Nachdem der Papst dies verweigerte, heiratete Ottokar das zweite Mal. Margarete reichte die Scheidung ein, ging 1261 auf ihre österreichische Höfe zurück, wo sie am 2. Oktober 1267 starb. siehe auch Portal Tschechien