Der Weiler Niederarnegg wurde erstmals im Jahre 737 mit der Bezeichnung Ahornineswanc urkundlich erwähnt. Von Anfang an tritt das Kloster St.Gallen als Grundherr auf. 1510 wurde Niederarnegg als zum Gericht Gossau gehörig bezeichnet. Oberarnegg war eine eigene Vogtei der Herren von Andwil. Bei der Kantonsgründung 1803 wurden die Pfarreigrenzen auch Grenzen der politischen Gemeinden. Damit gehörte Arnegg zur Gemeinde Andwil. Bereits drei Jahre später hat die Regierung am 13. Januar 1806 wegen Auseinandersetzungen um die Korporations- und Armengüter Niederarnegg (Arnegg) sowie die Höfe Geretschwil, Fronackern, Herzenwil, Wilen, Zinggenhueb, Stöcklen, Hölzle und Erlen wieder Gossau einverleibt. Arnegg blieb aber schul- und kirchgenössig nach Andwil, und dabei ist es bis heute geblieben.
Arnegg blieb lange von der Landwirtschaft geprägt und entwickelte sich nur langsam. Das Siedlungsgebiet war zu Beginn des 20. Jahrhunderts gekennzeichnet durch die Landwirtschaftsbetriebe mit dem stattlichen Restaurant "Ilge" samt Dachreiter und Glöckchen sowie der "Krone". Der Stickereibetrieb Hans Marbach (ab 1944 Robert Saladin) verkörperte den Einzug industrieller Produktion. Die Entwicklung blieb jedoch landwirtschaftlich ausgerichtet. Durch den Anschluss an die Bahnlinie Gossau-Sulgen (1876) begünstigt, siedelten sich die OBI-Betriebe an, 1944 mit Mosterei und Lager und 1963 mit dem Bau einer Mühle samt Silo. Dieser Betrieb wird seit dem Jahr 2000 fortgeführt durch die Biomühle A. Lehmann (Birmensdorf). Auf die Landwirtschaft ausgerichtet war die Grastrocknungsanlage (1941), der eine Kartoffeltrocknung (1950) angegliedert wurde. Eine weitere landwirtschaftliche Institution war die 1942 gegründete Schlachtviehgenossenschaft. Diese tauschte 1985 die Liegenschaft Ilge samt dem dazugehörigen Bauland gegen den Landwirtschaftsbetrieb Riethof in Gossau. Damit wurde der Weg frei zur Bildung eines Zentrums mit Ueberbauungen für Detailgeschäfte, Wohnungen und Dienstleistungsangebote. In den letzten Jahrzehnten des 20. Jahrhunderts förderten der Autobahnanschluss und die Ortsplanung 1968 eine raschere Entwicklung. Sie schlug sich in erstarkten und neuen Handwerks- und Gewerbebetrieben und in der Ansiedlung der Büromöbelfabrik Lista (1990) und den sich stark ausbreitenden Wohnquartieren Toregg/Alpsteinring, Ruppen und Betten nieder. Die 1921 gegründete Dorfkorporation Arnegg konnte auch nach der Uebernahme der Strassenbeleuchtung und des Strassenunterhalts durch die Gemeinde ihre Weiterexistenz durchsetzen, mit reduzierten öffentlichen Aufgaben (Betrieb der Glocke auf dem Gasthaus Ilge, Unterhalt Bettenweier, Mehrzweckgebäude und Spielwiese). Sie nimmt bei Wahlen der Behörden in Gemeinde, Schul- und Kirchgemeinde örtliche Interessen wahr und bündelt die Bestrebungen, Wünsche und Forderungen für verbesserte Infrastruktureinrichtungen. Gesellschaftlich ist Arnegg mehr nach Andwil orientiert; die gemeinsame Primarschule bildet den stets aktuellen Anknüpfungspunkt. Während in den sechziger Jahr des letzten Jahrhunderts rund 250 Einwohner in Arnegg lebten, hat sich die Bevölkerungszahl alsdann rasch vermehrfacht. Ende April 2007 zählte Arnegg 1696 Einwohner oder etwas mehr als zehn Prozent der Bevölkerung der Stadt Gossau mit 15347 Einwohnern. Das Korporationsgebiet umfasst 310 Hektaren.