Nach der ersten und der zweiten Teilung 1772 bzw. 1793 war Polen ein Restgebiet von rund 230.000 km² und etwas 4,4 Millionen Einwohnern verblieben, der Rest wurde von Preußen, Rußland und Österreich beansprucht. Das Rest-Polen war aber nach der zweiten Teilung kein lebensfähiges Staatsgebilde mehr, große Teile der Bevölkerung gehörten nun zu Preußen und Österreich. Die Regierung sah sich gezwungen eine Reduktion der Truppe auf 15.000 Mann durchzuführen. In der Armee machten sich Unzufriedenheit und Verzweiflung zuerst Luft, als sich die Brigade des Generals Madalinski am 12. März 1794 in Ostroleka der Auflösung widersetzte und nach Krakau marschierte, war dies das Signal zum Aufstand. Ein Gruppe von polnischen Patrioten hatte ihn von Sachsen aus vorbereitet, mit der Hoffnung Hilfe vom revolutionären Frankreich zu bekommen, die aber enttäuscht wurde. Am 24. März verkündete der rasch nach Krakau geeilte Tadeusz Kościuszko, Bürger der Vereinigten Staaten – nahm dort am Unabhängigkeitskrieg teil – und Ehrenbürger Frankreichs, auf dem Marktplatz als Oberster Befehlshaber den Aufstand, nicht mehr in einer Adelskonföderation, sondern als Volkserhebung, und proklamierte sich selbst zum Diktator, bis er die Gewalt einem frei gewählten Reichstag übergeben könne. Mit den wenigen regulären Truppen und einem Kontingent rasch aufgebotener Bauern, die mit geradegeschmiedeten Sensen bewaffnet wurden, gelang ihm am 4. April bei Raclawice ein Sieg über eine russische Abteilung, aber der Durchbruch nach Warschau gelang nicht. Ein Aufstand in Warschau vertrieb am 17./18. April die dortige russische Garnison. Doch ab Juni drängten russische und preußische Truppen den Aufstand in die Defensive, und nach Kościuszkos Niederlage bei Szczekociny am 6. Juni wurde Krakau von preußischen Truppen besetzt. Streitigkeiten unter den verbündeten Preußen und Russen ermöglichten Kościuszko zwar eine erfolgreiche Verteidigung des Mitte Juli belagerten Warschau, von dem die Preußen sogar abzogen, aber in der gleichen Zeit ging Wilna verloren, und mit dem Anmarsch einer weiteren russischen Armee unter Suworow gerieten die Aufständischen in eine hoffnungslose Lage. Am 10. Oktober wurde Kościuszko bei Maciejowice südöstlich von Warschau vernichtend geschlagen und gefangenen. Einen Monat später kapitulierte Warschau. Die vernichtende Niederlage des Aufstandes führte zur Dritten Polnischen Teilung.