Der UEFA Intertoto Cup 2006 brachte einige Neuerungen mit sich. Neu gab es nur noch drei anstatt fünf Qualifikationsrunden und es qualifizierten sich elf Teams für die zweite Qualifikationsrunde des UEFA-Pokals (anstelle drei Teams, die sich für die 1. Runde qualifizieren).
Der italienische Fußballverband verzichtete aufgrund des Skandals in der Serie A auf seinen Platz. Stattdessen durfte Frankreich, vertreten von AJ Auxerre einen zweiten Vertreter entsenden, der in der dritten Runde diesen Platz einnahm.
Der deutsche Starter für den UI-Cup 2006 war Hertha BSC, einer der elf Sieger, die sich für den UEFA-Cup qualifizierten. Österreich schickte die SV Ried, die Schweiz Grasshoppers Zürich ins Rennen. Für Luxemburg startete der CS Grevenmacher im UI-Cup. Liechtenstein besaß kein Startrecht.
Zürich und Ried stiegen in Runde 2, Berlin in Runde 3 ein; Grevenmacher begann bereits in der ersten UI-Cup-Runde.
1. Runde
Die erste UI-Cup-Runde fand am 17./18. (Hinspiele) und 24./25. Juni (Rückspiele) statt.
| Gesamt | Hinspiel | Rückspiel | ||
|---|---|---|---|---|
UE Sant Julià 
|
2-4 | Vorlage:Romania Farul Constanta | 2-2 | 0-2 |
| Pobeda Prilep Vorlage:Macedonia | 0-8 | Vorlage:Slovenia NK Maribor | 0-3 | 0-5 |
| Ethnikos Achnas Vorlage:Cyprus | 5-4 | Vorlage:Albania Partizan Tirana | 4-2 | 1-2 |
| Zrinjski Mostar Vorlage:Bosnia and Herzegovina | 4-1 |  FC Marsaxlokk
|
3-0 | 1-1 |
| Kilikia Eriwan Vorlage:Armenia | 1-8 |  Dinamo Tiflis
|
1-5 | 0-3 |
| Schachtar Karaganda Vorlage:Kazakhstan | 4-6 |  MTZ-RIPO Minsk
|
1-5 | 3-1 |
| FC Nitra Vorlage:Slovakia | 12-2 | Vorlage:Luxembourg CS Grevenmacher | 6-2 | 6-0 |
| MKT Araz Imisli Vorlage:Azerbaijan | 1-2 | Vorlage:Moldova FC Tiraspol | 1-0 | 0-2 n.V. |
| Keflavík ÍF Vorlage:Iceland | 4-1 | Vorlage:Northern Ireland Dungannon Swifts | 4-1 | 0-0 |
| Dinaburg Daugavpils Vorlage:Latvia | 2-1 | Vorlage:The Faroe Islands HB Tórshavn | 1-1 | 1-0 |
| Tampere United Vorlage:Finland | 8-1 | Vorlage:Wales 2 Carmarthen Town | 5-0 | 3-1 |
| JK Trans Narva Vorlage:Estonia | 1-8 | Vorlage:Sweden Kalmar FF | 1-6 | 0-2 |
| Vetra Vilnius Vorlage:Lithuania | 1-5 | Vorlage:Ireland FC Shelbourne | 1-1 | 0-4 |
2. Runde
Die zweite Runde fand am 1./2. (Hinspiele) und 8./9. Juli (Rückspiele) statt.
| Gesamt | Hinspiel | Rückspiel | ||
|---|---|---|---|---|
| FC Sopron Vorlage:Hungary | 3-4 | Vorlage:Turkey Kayserispor | 3-3 | 0-1 |
| Farul Constanta Vorlage:Romania | 3-2 | Vorlage:Bulgaria Lokomotive Plowdiw | 2-1 | 1-1 |
Zeta Golubovci 
|
1-4 | Vorlage:Slovenia NK Maribor | 1-2 | 0-2 |
Maccabi Petah-Tikva 
|
4-2 | Vorlage:Bosnia and Herzegovina Zrinjski Mostar | 1-1 | 3-1 |
| NK Osijek Vorlage:Croatia | 2-2 | Vorlage:Cyprus Ethnikos Achnas | 2-2 | 0-0 |
| Grasshoppers Zürich Vorlage:Switzerland | 4-0 | Vorlage:The Czech Republic FK Teplice | 2-0 | 2-0 |
| FC Nitra Vorlage:Slovakia | 2-3 |  Dnipro Dnipropetrowsk
|
2-1 | 0-2 |
| SV Ried Vorlage:Austria | 4-1 | Dinamo Tiflis
|
3-1 | 1-0 |
| FC Tiraspol Vorlage:Moldova | 4-1 | Vorlage:Poland Lech Posen | 1-0 | 3-1 |
| FK Moskau Vorlage:Russia | 3-0 | MTZ-RIPO Minsk
|
2-0 | 1-0 |
| Hibernian Edinburgh Vorlage:Scotland | 8-0 | Vorlage:Latvia Dinaburg Daugavpils | 5-0 | 3-0 |
| Odense BK Vorlage:Denmark | 3-1 | Vorlage:Ireland FC Shelbourne | 3-0 | 0-1 |
| Lilleström SK Vorlage:Norway | 6-3 | Vorlage:Iceland Keflavík ÍF | 4-1 | 2-2 |
| Tampere United Vorlage:Finland | 3-5 | Vorlage:Sweden Kalmar FF | 1-2 | 2-3 |
3. Runde
Die Hinspiele der dritten Runde fanden am 15./16., die Rückspiele am 22. Juli statt.
| Gesamt | Hinspiel | Rückspiel | ||
|---|---|---|---|---|
| AE Larisa Vorlage:Greece | 0-2 | Vorlage:Turkey Kayserispor | 0-0 | 0-2 |
| AJ Auxerre Vorlage:France | 4-2 | Vorlage:Romania Farul Constanţa | 4-1 | 0-1 |
| FC Villarreal Vorlage:Spain | 2-3 | Vorlage:Slovenia NK Maribor | 1-2 | 1-1 |
| Maccabi Petah-Tikva
|
3-4 | Vorlage:Cyprus Ethnikos Achnas | 0-2 | 3-2 |
| Grasshoppers Zürich Vorlage:Switzerland | 3-2 | Vorlage:Belgium AA Gent | 2-1 | 1-1 |
| Olympique Marseille Vorlage:France | 2-2 | Dnipro Dnipropetrowsk
|
0-0 | 2-2 |
| SV Ried Vorlage:Austria | 4-2 | Vorlage:Moldova FC Tiraspol | 3-1 | 1-1 |
| Hertha BSC Vorlage:Germany | 2-0 | Vorlage:Russia FK Moskau | 0-0 | 2-0 |
| Odense BK Vorlage:Denmark | 2-2 | Vorlage:Scotland Hibernian Edinburgh | 1-0 | 1-2 |
Newcastle United 
|
4-1 | Vorlage:Norway Lilleström SK | 1-1 | 3-0 |
| Kalmar FF Vorlage:Sweden | 2-3 | Vorlage:The Netherlands FC Twente Enschede | 1-0 | 1-3 |
Die fett gedruckten elf Sieger dieser dritten Runde des UI-Cups nahmen an der zweiten Runde der Uefa-Cup-Qualifikation (10. und 24. August 2006) teil.