Als Chromatin (griech. chroma Farbe) bezeichnet man ein mit basischen Kernfarbstoffen anfärbbares und lichtmikroskopisch sichtbares Fadengerüst im Zellkern einer eukaryontischen Zelle. Es besteht aus DNA und Kernproteinen. Während der Mitose und Meiose wandelt sich das fädige Material des Chromatins zu kompakteren Strukturen, den Chromosomen.
Das Verständnis der Chromatinstruktur und deren Beitrags zu Regulation der Gene ist Inhalt der Epigenetik.