Konfokalmikroskop (oder CLSM für confocal laser scanning microscope) ist ein Lichtmikroskop das eine bessere Auflösung, aber meistens eine bessere Schärfentiefe als Linsensystemen hat.
Mit einem "normallen" Lichtmikroskop, ein Bild ist Scharf nur wenn das Objekt im Fokusplan liegt. Wenn das Objekt nicht flach oder nicht parallel ist, ist ein Teil des Bildes unklar. Um das Problem zu lösen erleucht man nicht mit weißem Licht, sondern mit einem Laserstrahl, das wird mit einer Linse fokussiert, und das die Fläche rastert.
Ein Lichtdetektor meßt die Intensität für jedes Punkt. Es gibt Intensität nur wenn das Punkt im Fokusplan liegt (deshalb "konfokal" oder "monofokal"). Mit der Brennweite kann mann die Höhe der Pünkte kennen. Mit verschiedenen Brennweiten kann mann kann so ein 3D-Bild von der Fläche mit Komputer rechnen. Die Auflösunf ist die Breite vom Laserstrahl, rund 150 nm (kleine Wellenlänge werden benutzen, blau oder ultraviolet).
Man kann mit den reflektierten oder fluoreszent Lichtstrahlen arbeiten. Mit Fluoreszenz gibt es eine Chemiche Auskunft.
Es ist ein optische Methode, aber das Bild wird von ein Komputer gerechnet.