Protocyte (auch: Procyte) ist die Bezeichnung für die Zellen der Prokaryoten, d.h. um eine Zelle ohne Zellkern. Zu den Prokaryoten zählen die Bakterien und Archaeen.
Im Unterschied zu der bei Eukaryoten vorhandenen Eucyte besitzen die Protocyten keinen echten Zellkern. Die DNA befindet sich daher frei (aber dennoch hoch organisiert) im Cytoplasma, so dass statt von einem Zellkern von einem Kernäquivalent gesprochen wird. Organellen wie Mitochondrien und Plastiden fehlen.
Statt dessen sind Plasmide, Mesosomen, Geißeln, Pili, Vesikel und eine aus Murein oder Proteinen bestehende Zellwand häufige Bestandteile der Protozyte.
Protocyten können von weniger als 1 Mikrometer bis über 100 Mikrometer messen. Meistens erreichen sie jedoch nur eine Größe von 1 - 5 Mikrometer.