Sebastian Knüpfer (getauft am 6. September 1633 in Asch, † 10. Oktober 1676 in Leipzig) war ein deutscher Komponist, Kirchenmusiker und Thomaskantor.
Der Sohn des Organisten Thomas Knüpfer erhielt die erste Ausbildung bei seinem Vater. 1646 bis 1654 besuchte er das Gymnasium in Regensburg. Er ging nach Leipzig, wo er 1657 der Nachfolger Tobias Michaels im Amt des Thomaskantors wurde. Um Knüpfer bildete sich ein Kreis angesehender Musiker (u.a. der Nikolaikantor Elias Nathusius, die Thomasorganisten Gerhard Preisensin und Jakob Weckmann und der Arzt J. Kaspar Horn), der Leipzig den Ruf eines bedeutenden Musikzentrums brachte. In der Laudatio zum Tode Knüpfers hieß es: "Die Wahl Knüpfers gereichte dem Musikleben Leipzigs zum Heile und dem Thomaskantorat zum Segen". In Asch wurde 1925 ein Platz nach ihm benannt.
Die meisten Werke Knüpfers sind nie gedruckt worden. Er schrieb Messen, Motetten und Choralkantaten. Er komponierte für die Kaiserkrönung Leopolds I. 1658 und für den Aachener Frieden von 1668. 1663 erschien eine Sammlung seiner Madrigale und Canzonetten. Eine seiner bekanntesten Kompositionen ist die Kantate "Machet die Tore weit".