Der Begriff Bakterium wird traditionell für alle mikroskopisch kleinen einzellige Organismen, die keinen Zellkern besitzen, gebraucht.
Heute werden alle Organismen in die drei Domänen der Archebakterien, der Eubakterien ('Eigentliche Bakterien', früher einfach 'Bakterien' genannt) und Eukaryonten (Lebewesen mit Zellkern) eingeteilt.