Als Villmergerkriege werden die Schlachten vom 24. Januar 1656 bzw. 24. Juli 1712 zwischen den evangelischen und katholischen schweizer Orten bezeichnet.
Zum ersten Villmergerkrieg kam es, nachdem in den Jahren 1654/55 der Versuch einer Bundesreform durch die evangelischen Orte am Widerstand der katholischen Orte gescheitert war. Zürich drängte daraufhin im Jahr 1656 seine Verbündeten zum Krieg gegen die Katholiken. Zürich nutzte einen Streit mit dem katholischen Schwyz um den Besitz und die Rechte einiger aus Arth geflohenen Neugläubigen, um eine gesamteidgenössische Entscheidung zu erzwingen. Zu Beginn des Jahres 1656 rückten zürcherische Truppen vor Rapperswil, das man jedoch erfolglos belagerte. Unterdessen schnitten die katholischen Orte mit ihren Truppen die Verbindung zwischen Zürich und Bern ab und schlugen die Berner am 24. Januar 1656 bei Villmergen. Die Kampfhandlungen wurden aber erst am 20. Februar endgültig eingestellt.
Der erste Villmerger Friede vom 7. März 1656 stellte die alten Zustände wieder her, wie sie durch den 2. Kappeler Landfrieden von 1531 geschaffen worden waren.
Knapp 50 Jahre nach dem ersten Villmerger Frieden benützten Zürich und Bern im Jahr 1712 einen Streit zwischen dem Abt von St. Gallen und seinen evangelischen Toggenburger Untertanen sowie die günstige aussenpolitische Situation dieser Zeit, da Frankreich militärisch geschwächt war, um die katholischen Orte erneut anzugreifen. Diesmal gewannen Bern und Zürich dank guter Vorbereitung. Es folgte der vierte Landfrieden, der die Vormachtstellung der katholischen Orte in der Eidgenossenschaft beendete.