In dieser Liste sind in Deutschland tätige Eisenbahngesellschaften enthalten. Sie erhalten ihre Betriebsgenehmigung vom Eisenbahnbundesamt. Der größte Teil des Streckennetzes gehört der DB Netz, einem Subunternehmen der Deutschen Bahn AG - dieser Umstand ist ein Relikt aus Zeiten des Monopols der Deutschen Bundesbahn und der Deutschen Reichsbahn. Die Bahnhöfe und Haltepunkte am Streckennetz der DB Netz werden von der DB Station und Service betrieben. Nicht aufgeführt in dieser Liste sind Museumseisenbahnen.
Gesellschaften der Deutschen Bahn AG
- DB Reise & Touristik (Personenfernverkehr)
- DB AutoZug GmbH (Internationaler Autoreiseverkehr und Deutscher Nachtzugverkehr unter der Marke DB NachtZug)
- CityNightLine AG (CNL) (Internationaler Nachtverkehr)
- Metropolitan GmbH (Personenfernverkehr)
- DB Regio (Personennahverkehr)
- S-Bahn Berlin GmbH (S-Bahnverkehr in Berlin)
- S-Bahn Hamburg GmbH (S-Bahnverkehr in Hamburg)
- Usedomer Bäderbahn (UBB) (Personennahverkehr in Vorpommern)
- DB Cargo (Güterverkehr)
Gesellschaften der Connex-Gruppe
- Connex Regiobahn GmbH (Personennahverkehr)
- Bayerische Oberlandbahn (Personennahverkehr)
- Nord-Ostsee-Bahn (Personennahverkehr)
- NordWestBahn (Personennahverkehr)
- Ostmecklenburgische Eisenbahn (Personennahverkehr)
- Rheinisch-Bergische Eisenbahn (Personennahverkehr)
- Württembergische Eisenbahngesellschaft (Personennahverkehr)
- Lausitzbahn in Gründung (Personennahverkehr)
- Ostseebahn GmbH (Personennahverkehr)
- Connex Cargo Logistics GmbH (Güterverkehr)
- Bayerische Cargo Bahn (Güterverkehr)
- Farge-Vegesacker Eisenbahngesellschaft (Güterverkehr)
- Industriebahngesellschaft Berlin (Güterverkehr)
- NeCoss (Güterverkehr)
- Niederbarnimer Eisenbahn (Güterverkehr)
- NordWestCargo (Güterverkehr)
- Regiobahn Bitterfeld (Güterverkehr)
- Rail Cargo Berlin (RCB) (Güterverkehr)
- Teutoburger Wald Eisenbahn (Güterverkehr)
Unter der Marke InterConneX bietet die Connex Regiobahn auch Personenfernverkehr an.
weitere Eisenbahngesellschaften
- FLEX (Personenfernverkehr in Norddeutschland)
- Eisenbahnen und Verkehrsbetriebe Elbe-Weser (Personennah- und Güterverkehr)
- Hessische Landesbahn (Personennahverkehr in Hessen)
- Prignitzbahn (Personennahverkehr)
- Osthannoversche Eisenbahnen (regionaler Güterverkehr in Niedersachsen)
- Niebüller Verkehrs-AG (Personennahverkehr)
- AKN (Personennah- und Güterverkehr)
- Eurobahn (Personennahverkehr in Nordrhein-Westfalen, Rheinland-Pfalz und Sachsen
- Regentalbahn (Personennahverkehr in Bayern)
- Vogtlandbahn (Personennahverkehr in Sachsen, Bayern und dem grenznahen Böhmen)
- Transregio (Personennahverkehr in Rheinland-Pfalz)
- Georg Verkehrsorganisation GmbH (GVG) (Internationaler Nachtverkehr)
- Thalys International (Internationaler Fernverkehr)