Historisch ist Köln wie das gesamte Rheinland katholisch geprägt, so sind ca. 40 % der Einwohner katholisch, 50 % evangelisch, 10 % (vorwiegend Einwanderer) Digimonmisch aber weitere 30 % anderer oder ohne Religion.
Katholische Kirche
Seit 313 existiert das Erzbistum Köln, erst als Bistum, seit Karl dem Großen dann als Erzbistum. Das Erzbistum war bis 1802 eines der geistlichen Territorien des Heiligen Römischen Reichs deutscher Nation. Der Erzbischof war zugleich einer der Kurfürsten.
Daher hatte die Katholische Kirche in der Geschichte der Stadt Köln stets eine besondere Rolle. 1288 wurde Köln Freie Reichsstadt und gehörte danach nicht mehr zum Kurfürstentum. 1525 wurde der Sitz des Kurfürstentums nach Bonn verlegt. Die Reformation konnte keinen Fuß fassen, wenngleich es an verschiedenen Gegenden des Kurfürstentums reformatorische Tendenzen gab. Innerhalb der Stadt Köln konnten Protestanten im Gegensatz zum Kurfürst-Erzbistum Köln bis zum Einmarsch der Franzosen 1794 keinen öffentlichen Gottesdienst abhalten. Die katholischen Pfarreien der Stadt gehörten anfangs zum Archidiakonat des Dompropstes. 1802 wurde das Erzbistum Köln zunächst aufgehoben, die Pfarreien gehörten danach zum Bistum Aachen, doch wurde das Erzbistum 1821 beziehungsweise 1825 in anderem Zuschnitt neu errichtet. Köln wurde wieder Sitz eines Erzbischofs und ist somit bis heute Hauptort einer der sieben Kirchenprovinzen Deutschlands. Heute sind rund die Hälfte der Einwohner Kölns katholisch.
1845 wird der in Kerpen geborene Adolph Kolping zum Priester geweiht.
Gemeinden in Köln
Die Pfarrgemeinden der Stadt bilden das "Stadtdekanat Köln", das aus den Dekanaten Köln-Mitte, Dünnwald, Ehrenfeld, Lindenthal, Mülheim, Nippes, Porz, Rodenkirchen und Worringen besteht. Die über 300 Kirchen, Klöster und Stifte, wie auch die berühmte Mülheimer Gottestracht an Fronleichnam, zeugen auch heute noch von einem reichen und volkstümlichen katholischen Leben in Köln. Neben verschiedenen Museen unterhält die Katholische Kirche in Köln zahlreiche Schulen und soziale Einrichtungen. Vielfältige Konzerte, Ausstellungen und Fortbildungsmöglichkeiten bereichern das kulturelle Leben Kölns erheblich.
Ordensgemeinschaft
In Köln gibt und gab es die Ordensgemeinschaften der Kölner Alexianer und der Cellitinnen.
Heilige
Das "heilige Köln" hat zahlreiche heilige Männer und Frauen hervorgebracht und beherbergt bis heute zahlreiche Reliquien. Die heiligen drei Könige, Albertus Magnus, Adolf Kolping, Gereon, Ursula, Gero, Irmgard, Pantaleon, Johannes Duns Scotus, Edith Stein, Engelbert von Berg, Bruno der Kartäuser, Erzbischof Bruno, Bischof Maternus, Richeza, Plektrudis...
Im Sommer 2005 fand in Köln der Weltjugendtag mit Papst Benedikt XVI. statt.
Evangelische Kirche
Wie bereits erwähnt, wurden protestantische Bewegungen innerhalb der Stadt Köln stark unterdrückt. So wurde schon 1525 der bergische Prediger Adolf Clarenbach in Köln als Ketzer verbrannt. Dennoch gab es seit etwa 1580 protestantische Gemeinden, die aber nur versteckt wirken konnten. Außer den deutschsprachigen Gemeinden der Lutheraner und Reformierten gab es zeitweise auch eine niederländischsprachige und eine französischsprachige reformierte Gemeinde. Teilweise wurden die Gemeindeglieder von Pfarrern aus Mülheim seelsorgerisch betreut. Nach dem Dreißigjährigen Krieg konnten die evangelischen Christen ihre Verstorbenen auf dem sogenannten Geusenfriedhof, etwa 1,5 Kilometer vor der Stadtmauer, also auf kurkölnischem Gebiet, bestatten.
Nach der französischen Besetzung Kölns konnten die zwei evangelischen Gemeinden, nämlich die lutherische und die reformierte, auch in der Öffentlichkeit erscheinen. Sie erhielten die seinerzeit säkularisierte Antoniterkirche für ihre Gottesdienste. Später entstanden weitere evangelische Gemeinden. Nachdem Köln 1815 preußisch wurde, gehörten die Gemeinden zur Evangelischen Kirche in Preußen beziehungsweise deren rheinischer Provinzialkirche. 1826 vereinigten sich die beiden Kölner Gemeinden.
Die folgenden Jahrzehnte sind geprägt von einem wachsenden Selbstbewusstsein der evangelischen Kölner. Mit der 1860 eingeweihten Trinitatiskirche in der Nähe des Heumarkts entstand eine repräsentative Kirche als protestantisches Gegenstück zu den großen romanischen Kirchen und dem kurz vor seiner Vollendung stehenden Dom.
Mit dem Wachstum der Vororte und dem Bau der Neustadt ab 1880 wurden auch dort evangelische Kirchen errichtet: 1861 St. Johanneskirche (Deutz); 1876 Friedenskirche (Ehrenfeld); 1880 Presbyterkirche (Kalk, nach Kriegszerstörung nicht wiederaufgebaut); 1889 Lutherkirche (Nippes); 1894 Christuskirche (Neustadt, 1200 Plätze); 1895 Lutherkirche (Mülheim, nach Kriegszerstörung als Notkirche errichtet); 1901 Ev. Kirche in Lindenthal; 1905 Reformationskirche (Marienburg); 1906 Lutherkirche (Neustadt). 1923 erwarb die evangelische Gemeinde vom Staat das Gelände des ehemaligen Kartäuserklosters mit der Kartäuserkirche. Hier entstand das evangelische Verwaltungs- und Fortbildungszentrum für die Region Köln. Auch im diakonischen Bereich engagierten sich die evangelischen Christen Kölns. So gibt es bis heute zwei Krankenhäuser in evangelischer Trägerschaft sowie zahlreiche Kindergärten und Altenheime. Die nach dem Zweiten Weltkrieg gegründete Diakonie Michaelshoven gehört zu den größten diakonischen Einrichtungen der Landeskirche.
Aus der preußischen Provinzialkirche ging nach dem 2. Weltkrieg die Evangelische Kirche im Rheinland hervor. Innerhalb dieser Landeskirche gehören die Kirchengemeinden Köln zu den Kirchenkreisen Köln-Mitte, Köln-Nord, Köln-Rechtsrheinisch und Köln-Süd. Die Kirchenkreise umfassen teilweise jedoch auch Gemeinden außerhalb der Stadt Köln.
Die evangelischen Gemeinden im rechtsrheinischen Köln haben als ihre Muttergemeinde nicht die Gemeinde in Köln, sondern die in Mülheim. Hier, im Herzogtum Berg, durften die Evangelischen schon zu Beginn des 17. Jahrhunderts eigene Kirchen bauen. Allerdings wurde die lutherische Kirche in Mülheim schon zu Beginn des Dreißigjährigen Kriegs zerstört. Ein Neubau fiel dem großen Rheinhochwasser von 1784 zum Opfer. Dennoch ist die 1786 vollendete Mülheimer Friedenskirche die älteste evangelische Kirche Kölns.
Vor allem die Flüchtlingsströme nach dem Zweiten Weltkrieg führten zu einem weiteren großen Wachstum der evangelischen Gemeinden Kölns. Dieses Wachstum brachte die Teilung von Gemeinden mit sich. So gibt es derzeit (2006) im Stadtgebiet 39 evangelische Gemeinden mit 81 Predigtstätten.
Andere christliche Gemeinschaften
Neben den beiden großen Kirchen gibt es in Köln jedoch eine Vielzahl von Freikirchen und sonstigen christlichen Gruppierungen und Gemeinden. Viele davon sind Mitglied in der "Arbeitsgemeinschaft christlicher Kirchen in Köln" oder haben dort zumindest Gaststatus. Mitglieder beziehungsweise Gäste sind neben den beiden großen Kirchen Alt-Katholiken [1], Apostolische Gemeinschaft [2], Apostelamt Christi, Armenisch-Apostolische Kirche, Äthiopisch-Orthodoxe Kirche, Church of England (Anglikaner), Evangelisch-Freikirchliche Gemeinden (Baptisten, z.B. Ev.-Freik. Gem. Köln-Süd www.koeln-sued.de) und Brüdergemeinde, Evangelisch-methodistische Kirche, Evangelisch-lutherische Gemeinde (SELK), Evangelisch-Lutherische Kirche Finnlands, Freie evangelische Gemeinde Lindenthal und Mülheim, Griechisch-Orthodoxe Metropolie, Die Heilsarmee, Herrnhuter Brüdergemeine, Japanische Evangelische Gemeinde Köln/Bonn, Niederländisch-Reformierte Kirche in Deutschland, Ukrainisch-Orthodoxe Kirche und Ungarisch-Reformierte Gemeinde.
Darüberhinaus sind die Christian Science [3] und die Neuapostolische Kirche, sowie diverse freie Gemeinden, die keinem Verband angehören, in Köln vertreten.
Islam
Wegen des hohen Anteils von Einwanderern vor allem aus der Türkei und ihrer Nachkommen sowie wegen der zentralen Lage in der Mitte der alten Bundesrepublik richteten die wichtigsten türkisch-islamischen Organisationen ihren Sitz in Köln und Umgebung (Kerpen) ein. In Köln leben derzeit rund 100.000 Muslime (vorwiegend Einwanderer) und es gibt insgesamt 45 Moscheen. Eine Liste der Kölner Moscheen und Gebetszeiten finden sie hier. Geplant wird unter anderem eine repräsentative Zentralmoschee in Köln.
Judentum
Mit der Erwähnung im 4. Jh. ist Kölns jüdische Gemeinde die älteste bezeugte in Deutschland. Die erste Synagoge wird 1040 in Köln eingeweiht. Das jüdische Viertel Kölns wird erstmals zur Zeit des Kölner Erzbischofs Anno II. (1056 - 1075) urkundlich erwähnt. Es lag im östlichen Teil der alten Stadt vor den Toren der Römermauer. Durch das Judenregal war der Kölner Erzbischof zum Schutz der Juden in seiner Stadt verpflichtet und erhob dafür eine spezielle Steuer. Am 30. Mai 1096 fallen aufgewiegelte Kreuzfahrer - wie in Worms und Mainz - in einem dreitägigen Pogrom über die jüdische Gemeinde Kölns her und brennen Synagoge und Viertel nieder. Auf dem Höhepunkt lässt der Erzbischof die Juden auf 7 Gemeinden in der Nachbarschaft verteilen. Im September 1146 kommt es erneut zu antijüdischen Ausschreitungen. Der Erzbischof Arnold I. stellt seine Feste Wolkenburg als Zuflucht zur Verfügung. Um 1201 wird Eliser ben Joel ha-levi Rabbiner in Köln. 1303 verlässt der Rabbiner Asher ben Jehiel die größte Jüdische Gemeinde Deutschlands und siedelt nach Toledo, Spanien um. Nach dem Machtverlust des Kölner Erzbischofs übernimmt die Stadt 1321 im Schutzbrief gegen Zahlung von erheblichen Abgaben den Schutz der etwa 800 köpfigen Gemeinde, die von einem zwölfköpfigen Rat und einem "Judenbischof" geleitet wird. Eine Mikwe, ein Kultbad aus dem 12. Jahrhundert belegt ein reges jüdisches Leben, das zum Zentrum des deutschen Judentums wird. Infolge der Pest werden in Köln, wie überall in Europa in einem erneuten Pogrom am 24. August 1349 die Kölner Juden ermordet, ihr Viertel geplündert, Schuldscheine vernichtet, das Viertel verbrannt. Der Kölner Rat sieht untätig zu. 1372 lassen sich erstmals Juden wieder in Köln nieder. Ihr Aufenthalt wird durch 10jährige Aufenthaltsgenehmigungen gegen hohe Gebühren von Rat und Erzbischof geregelt. Doch schon am 16. August 1423 beschließt der Rat, diese im Folgejahr auslaufende Genehmigung nicht zu verlängern, woraufhin die Juden in den Schutz des Kölner Erzbischofs nach Deutz fliehen, der ihnen einen Ersatz für die zerstörte Synagoge gewährt. Köln: Jüdisches Zentrum am Niederrhein im Mittelalter
Mit der napoleonischen Besatzungsmacht wird die alte Ratsverfassung 1796 abgeschafft. In einem ehemaligen Clarissenkloster in der Glockengasse gründet sich eine jüdische Gemeinde, die 1861 feierlich die neue Synagoge einweiht. Der Bankier Abraham Oppenheim spendet großzügig und der Dombaumeister Ernst Zwirner errichtet ein im maurischen Stil reich ausgestattetes Gotteshaus, das jedoch 1899 bereits zu klein ist und durch die neue, größere Kölner Synagoge in der Roonstraße ergänzt wird. In der Reichspogromnacht am 9. November 1938 gehen alle 6 Kölner Synagogen in Flammen auf. Noch 1930 zählte die jüdische Gemeinde 20.000 Menschen. Viele werden nach Dachau verschleppt, viele werden misshandelt, persönlichen Besitzes beraubt, jüdische Friedhöfe geschändet. Nach der Befreiung wird die Synagoge in der Roonstraße 1959 mit einem Kulturzentrum in Anwesenheit Bundeskanzler Konrad Adenauers eingeweiht. Durch Zuzug aus den Gebieten der früheren Sowjetunion wächst die Kölner Synagogengemeinde in den 1990er Jahren, wie in anderen deutschen Städten.
Im Jahre 2004 wurde in dem ehemaligen jüdischen Asyl an der Ottostraße in Köln-Ehrenfeld das neue Wohlfahrtszentrum eröffnet, in dem eine jüdische Grundschule, ein Altenheim und die Verwaltung der mehr als 5000 Mitglieder zählende Synagogen-Gemeinde [4] untergebracht sind.