Nihonshoki (jap. 日本書紀) ist nach dem Kojiki das zweitälteste noch existierende Geschichtsbuch über Japan, es wurde 720 vollendet. Das Buch ist in klassischem Chinesisch geschrieben. Es umfaßt in 30 Bänden, eine Theogonie und eine Genealogie. Jeder Band der verlorengegangenen Genealogie behandelt das Leben eines Tennō (Kaiser oder Kaiserin auf dem Thron), bis zum Leben der Tennō Jitō. Nach älteren Dokumenten war der ursprüngliche Name Nihongi (日本紀) (Die Leben der (wichtigen) Japaner). Heute wird es jedoch meist Nihonshoki genannt.
Der Autor Nihonshokis war dem Buch nach Prinz Toneri (舎人親王, 676-735) selbst, heute betrachtet ihn die Forschung jedoch lediglich als Herausgeber. Wahrscheinlich war es das Werk mehrerer, sowohl chinesischer als auch japanischer, Autoren.
Nihonshoki beruht auf verschiedenen Quellen, einerseits japanisch-koreanischer, andererseits Shintōismen theologisch-historischer. Da die meisten dieser Quellen leider verloren sind, hat Nihonshoki auch die Rolle einer Sammelung derer Fragmenten. Als älteste Geschichtsbücher sind Tennōki (Buch der Kaiser) und Kokuki (Buch des Landes) bekannt, welche 622 geschrieben wurden. Beide Bücher sollen bei einem Staatsstreich (Taika no kaishin oder Itsushi no hen) im Jahr 645 verbrannt worden sein.