GoPubMed ist eine wissensbasierte Suchmaschine für biomedizinische Texte. Die Gene Ontology wird als "Inhaltsverzeichnis" benutzt, um die ca. 16 Millionen Artikel der MEDLINE (Stand 2006) Datenbank zu strukturieren. Die Suchmaschine erlaubt Biologen (und Medizinern) wesentlich schneller, relevante Suchresultate zu finden.
Die in GoPubMed verwendete Technologie ist generisch und kann prinzipiell für beliebige Texte und beliebige Wissensbasen (Ontologien) eingesetzt werde. GoPubMed ist eine der ersten Web 2.0 Suchmaschinen. Sie wurde an der Technischen Universität Dresden von Michael Schroeder und seinem Team und Transinsight www.transinsight.com entwickelt.