Ekbert II., Markgraf von Meißen und Graf von Friesland (ermordet 1090) war ein deutscher Adliger, der 1088 von der Fürstenopposition im Rahmen des Investiturstreits als Gegenkönig zu Kaiser Heinrich IV. aufgestellt wurde (siehe Liste der römisch-deutschen Kaiser und Römischen Könige).
Ekbert II. war der Sohn des Grafen Ekbert I. von Friesland († 1068) und der Irmgard von Susa (in Oberitalien); er heiratete Oda, eine der Töchter des Markgrafen Otto von Meißen, die nach dem Tod ihres Vaters 1067 die Markgrafschaft erbte. Die Ehe blieb vermutlich kinderlos.
Die Markgrafschaft ging an Ekbert I. über, nach dessen baldigem Tod - ebenso wie die Grafschaft Friesland - auf Ekbert II.
Ekbert II. von Meißen trat, nachdem der deutsche Gegenkönig Hermann von Salm am 28. September 1088 bei Cochem gefallen war, als dessen Nachfolger auf. Er wurde aber bereits im Jahr 1090 ermordet.
Die Markgrafschaft Meißen erbte der Wettiner Heinrich I. von Eilenburg († 1103), der Sohn seiner Schwester Gertrud.