Édouard van Beneden (* 5. März 1846 in Löwen, * 28. April 1910 Lüttich) war ein belgischer Cytologe. Sein Vater war der Parasitologe und Paläontologe Pierre-Joseph van Beneden (1809-1894).
Er war ab 1874 als Nachfolger von Theodor Schwann Professor für Zoologie an der Universität Lüttich.