Konfokalmikroskop (oder CLSM für confocal laser scanning microscope) ist eine Variante des Lichtmikroskopes, das optische Schnitte mit mikroskopischer Auflösung in räumlich ausgedehnten Objekten erzeugen kann. Mit einem Computer können diese Schnittbilder schichtweise zu einer räumlichen Darstellung zusammengesetzt werden.
In einerm "normalen" Lichtmikroskop ist das Bild eine Überlagerung aus einer scharfen Abbildung der Punkte in der Objektebene und einer unscharfen Abbildung der Punkte außerhalb. In einem Konfokalmikroskop dagegen wird das Licht von außerhalb der Objektebene mit einer Lochblende unterdrückt.
Die meisten - aber keinesfalls alle - Konfokalmikroskope sind Laser-Scanning-Mikroskope. Bei diesen wird ein Laser-Brennfleck sehr schnell zeilenweise in einer Objektebene bewegt. Licht aus dem Brennfleck wird auf eine kleine Lochblende (Pinhole) abgebildet, hinter der sich ein lichtempfindlicher Empfänger befindet. Aus dem Empfängersignal wird dann zeilenweise im Computer zu einem (Schnitt-)Bild zusammengesetzt.
Das aus dem Brennfleck zurückkommende Licht kann vom Objekt reflektiertes oder dort erzeugtes Fluoreszenzlicht sein.