Ektotoxine (auch Exotoxine) sind von Bakterien abgesonderte Giftstoffe, gegen die der Wirtskörper Gegengifte (Antitoxine) bilden kann. Der Begriff leitet sich vom griechischen ekto = außen und toxin = Gift ab, das Gift "verläßt" also das Bakterium (im Gegensatz zum Endotoxin).
Ektotoxine sind meist thermolabil, also nicht hitzebeständig.
Von Ektotoxinen verursachte Krankheiten sind z.B. Botulismus, Tetanus und Diphterie.