Paul Fagius (d.i. Paul Büchlein * 1504 in Rheinzabern; 1549 Cambridge) war ein deutscher Reformator und Hebraist.
Fagius wurde im Jahr 1504 in Rheinzabern als Sohn eines Lehrers und Ratsschreibers geboren. 1521 begann er sein Studium an den Universitäten zu Heidelberg. Im Jahr 1522 wechselte er an die Universität Straßburg. 1527 wurde er Schulrektor in der freien Reichsstadt zu Isny im Allgäu. Fagius nahm an den Religionsgesprächen in Bern teil, wo er auch auf den Reformator Zwingli traf. 1536 studierte er erneut an der Universität Straßburg.
1538 kehrte Paul Fagius als Pfarrer nach Isny zurück. Hier lernte er vom jüdischen Grammatiker und Herausgeber Elijah Levita Hebräisch. Mit ihm richtete er in Isny eine Druckerei ein. Eines der weniger bekannten Werke, die bei dieser Zusammenarbeit herausgegeben wurde ist das Buch "Shemot Devarim", ein altjiddisch-hebräisch-lateinisch-deutsches Wörterbuch (Isny 1542).
1544 wird Fagius als Pfarrer und Professor nach Straßburg berufen wurde er Professor an der Universität zu Strassburg. Mit dem Beginn der Gegenreformation wuchs der Druck auf Paul Fagius. Im Jahre 1549 verließ er Straßburg und ging als Professor für Hebräisch an die Universität Cambridge. Er konnte sein Amt jedoch nicht antreten und starb am Fieber.
Während der katholischen Gegenreformation in England wurden seine Gebeine 1556 exhumiert und in einem Schauprozess wurde Fagius zum Feuertod verurteilt. Seine Gebeine wurden öffentlich verbrannt. 1560 wurde er rehabilitiert.