Kaiser Go-Saga (後嵯峨天皇) (1220 - 1272) war der 88. Kaiser von Japan (1242 - 1246). Er war ein Sohn Kaiser Tsuchimikados und sein Eigenname war Kunihito.
Nachdem sein Vater Tsuchimikado von Kyoto verbannt wurde, wuchs der zukünftige Kaiser im Haus seiner Mutter.
Nachdem sein Vorgänger Kaiser Shijo 1242 verstarb, ohne einen Kronzprinzen zu hinterlassen, gab es Streit um die Nachfolge. Der Thron blieb elf Tage lang verwaist. Dann bestieg Go-Saga den Thron auf Empfehlung des Shogunats, denn sein Vater war relativ neutral im Jokyu-Streit gestanden.
Er war bekannt als starker Politiker gegen dem Shogunat. Seine Macht war aber beschrenkt, denn der Shogunat war die praktische Regierung besonders im militarischen und finanziellen Gebiet, doch der kaiserlische Hof hielt seine traditionelle Autorität. Nach vier Jahren Regierung gab er freiwillig den Thron einem seines Sohn, doch er hielt praktisch den Macht im Hof. Er machte seine zwei Söhne Kaiser Go-Fukakusa und Kameyama und tat die Klosterherrschaft während der Regierungszeiten dieser Söhne. Auch er sandte einen Sohn nach Kamakura als Shogun - der erste so genannte Prinz-Shogun. Nachdem der eigentliche Shogunfamilie, Haus von Minamoto endete, wann der dritte Shogun Minamoto no Sanetomo ermordet wurde, machte der Shogunat höchste Adel Shogun, die von Kyoto eingeladet wurden. Go-Saga erfolgte seinen Sohn den Shogun zu machen und durch diesen gab den politischen Einfluß zum Shogunat in Kamakura.
Go-Saga auch bereite den Gegensatz der zwei kaiserlichen Linie, jede von beiden Sohn abstammten.
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