Kaisermühlen ist einer von insgesamt 8 Teilen des 22. Wiener Gemeindebezirke (Donaustadt). Ursprünglich lag Kaisermühlen am rechten Ufer der damals noch unregulierten Donau und wurde erstmals 1674 urkundlich erwähnt. Nach der Donauregulierung von 1870-1875 jedoch befand sich Kaisermühlen plötzlich am linken Ufer. Das führte auch dazu, dass die Schiffsmühlen, die diesem Gebiet den Namen gaben, nach und nach abwanderten. Diese Schiffsmühlen verloren dann durch die Industrielle Revolution an Bedeutung und verschwanden schließlich gänzlich. Eine nach alten Plänen nachgebaute Schiffsmühle kann übrigens heute wieder in Orth an der Donau besichtigt werden.
Verbunden wurden die beiden Donauufer zusammen mit dem Überschwemmungsgebiet auf der Höhe Kaisermühlens durch die Kronprinz Rudolf Brücke. Diese wurde 1937 durch die (erste) Reichsbrücke ersetzt (sie hieß von der Eröffnung bis 1910 noch Kettenbrücke), welche jedoch am 1. August 1976 in den frühen Morgenstunden einstürzte. Am 8. November 1980 wurde schließlich die heute noch bestehende (zweite) Reichsbrücke eröffnet.
Ernst Hinterberger hat mit seiner TV-Serie "Kaisermühlen Blues" diesem Bezirksteil ein Denkmal gesetzt.