Bei der systemischen Aufnahme werden Arzneistoffe im Gegensatz zur topischen Anwendung in das Blut- und/oder Lymphsystem des Körpers übertragen (daher "systemisch") und hierüber im gesamten Körper verteilt.
Die systemische Aufnahme von Arzneistoffen ist der Hauptgrund für Nebenwirkungen von Arzneimitteln. So ist z.B. von der Acetylsalicylsäure (Hauptwirkstoff von Aspirin) bekannt, dass sie Schmerzrezeptoren blockiert (erwünschte Wirkung), durch Übergang in den Blutkreislauf aber auch in der Niere und in der Magenschleimhaut abgelagert wird. Nach längerer Einnahme von Aspirin können unerwünschte Wirkungen wie Nierenblutungen und Magenbeschwerden auftreten.