Am ehesten bringt man den Namen Baphomet mit den Tempelrittern und den gegen sie vorgebrachten Anklagepunkten wegen Häresie in Verbindung.
In den Protokollen der Anklage ist zum Beispiel nach Aussage Larchant's von einem "Idol als ein Kopf mit Bart" die Rede den Templer angeblich huldigten.
Allerdings wurde damals weder ein Beweis noch ein Götzenbild Baphomet gefunden. Es ist also fragwürdig ob an den erzwungenen Aussagen unter Folter überhaupt etwas wahres drann ist. Wissenschaftler und Archäologen sind sich jedenfalls nicht einig, ob es überhaupt einen Baphomet für die Templer gab und wie diese Götze ausgesehen haben soll. Einige Indizien deuten jedoch darauf hin, dass die Templer Baphomet als ein Abbild eines alten bärtigen Mannes mit drei Gesichtern darstellten. So findet sich dieses Abbild des drei Gesichts immer wieder in der Architektur der Templer. Mit der Zeit entwickelten sich geradezu ein Sammelsurium an Theorien was Baphomet gewesen sein sollte. Gerade Sekten und Satanistische Bewegungen machten sich den spekulativen Freiraum zu nutze und entwickelten ihre eigene Enthüllung über die wahre Bedeuteung Baphomets.
Die Figur des Baphomet war ursprünglich nicht mit dem Teufel assoziiert, jedoch benutzte die katholische Kirche derartige Gottheiten, um Aberglauben und heidnische Bräuche - und das Wissen, das mit deren Tradition verbunden war - zu ihren Gunsten zu verteufeln und zu verdrängen.
Magus Eliphas Levi (auch: Alphonse Louis Constant) zeichnete im 19. Jahrhundert Baphomet erstmalig als Dämon mit dem gehörnten Kopf eines Stieres und einem Körper, der sowohl männliche als auch weibliche Anatomie zeigt. Seine Darstellung ist gerade heute sehr verbreitet und wurde von Satanisten übernommen, obwohl Levi's Theorie mittlerweile wissenschaftlich wiederlegt wurde . Levi sprach dem Namen "Baphomet" das Anagramm "Tem Oph Ab" zu, ein Kürzel, das wiederum Levis Darstellung ist allerdings weit älter und entstand aus verschiedenen Gottheiten heidnischen Ursprungs. So findet man zum Beispiel gehörnte Fruchtbarkeitsgötter mit Ziegenköpfen im alten Ägypten, in Germanien und auf keltischen Darstellungen. Weitere Verwendung fand der Baphomet in der "Satanischen Bibel" LaVeys, der ihn in den symbolischen Dienst Satans stellte.
Über die Herkunft und Beudeutung des Wortes Baphomet gibt es einige Theorien:
- "Tem Oph Ab" = soll als Anagram laut Levi von den Templern verwendet worden sein soll, um ihre Beziehung zum Tempel Salomons zu verdeutlichen: "Templi omnium hominum pacis abhas", was soviel heißt wie: "Dem Tempel zum Frieden unter allen Menschen".
- "abufihamet" soll arabischen Ursprungs sein und "Vater des Verstehens" bedeuten
- "Mahomet" soll eine Anspielung auf die verehrung Mohammeds sein