Als Konflikt im Ost-Sudan werden die seit den 1990er Jahren andauernden Auseinandersetzungen zwischen den lokalen Ethnien im Ost-Sudan und der Regierung in Khartum bezeichnet.
Zum Osten des Sudan gehören die Bundesstaaten al-Bahr al-ahmar, al-Qadarif, Kassala und Nahr an-Nil.
Der hauptsächlich von Bedscha und Rashaida bewohnte Osten des Sudan ist eine arme, unterentwickelte und immer wieder von Dürre und Hunger geplagte Region. Trotz der reichen Vorkommen von Gold und Eisenerz, unter anderem in den Red-Sea-Hills, die auch abgebaut werden, hat sich an dieser Situation nicht viel geändert. Deshalb fühlen sich viele Bedscha und Rashaida von der Zentralregierung in Khartum marginalisiert und unterdrückt.
1957 wurde von Bedscha-Intellektuellen unter der Führung von Dr. Taha Osman Bileya die Organisation Beja Congress gegründet, die sich für mehr regionale Autonomie für die Bedscha einsetzt und Teil des oppositionellen Bündnisses National Democratic Alliance (NDA) ist. In den 1990er Jahren begann der Beja Congress als Reaktion auf verstärkte Repressionen durch die Regierung einen bewaffneten Kampf. Immer wieder wurden Regierungseinrichtungen wie etwa die strategisch wichtige Erdöl-Pipeline, die durch Bedscha-Gebiet zum Roten Meer führt, angegriffen.
Als 2005 ein Friedensabkommen zwischen der Regierung und den Rebellen der Sudanesischen Volksbefreiungsarmee (SPLA) den Sezessionskrieg im Süd-Sudan beendete und dem Süd-Sudan Autonomie bzw. eventuell die Unabhängigkeit in Aussicht stellte, nährte dies auch in anderen Landesteilen die Hoffnungen auf mehr Regionalautonomie. Im Westen des Sudan brach der Darfur-Konflikt offen aus. Der Beja Congress verbündete sich mit der Rebellenorganisation SLA in Darfur. Beja Congress, die Rashaida-Organisation Free Lions und die JEM in Darfur schlossen sich zur "Eastern Front" zusammen. Zeitgleich mit dem Ausbruch des Darfur-Konflikts verschärften sich auch im Ost-Sudan die Attacken auf Regierungseinrichtungen. Eine offene Eskalation des schwelenden Konfliktes im Ost-Sudan wurde befürchtet, blieb jedoch zunächst aus.
Seit Anfang 2006 laufen in Eritrea Friedensverhandlungen zwischen der Regierung und den Rebellen des Ost-Sudan. Dabei wurde am 26. Juni 2006 bereits ein Waffenstillstands-Abkommen unterzeichnet[1].