Das Trennungsprinzip ist ein Prinzip der Unternehmensbesteuerung in Deutschland, insbesondere der Besteuerung von Kapitalgesellschaften. Bei diesen ist das Unternehmen selbst steuerpflichtig, während Einzelunternehmen und Personengesellschaften im Rahmen des Mitunternehmerkonzeptes nach dem Transparenzprinzip besteuert werden.
Getrennt wird zwischen dem Gewinn der Kapitalgesellschaft und den Einkünften des Gesellschafters. Der Gewinn der Gesellschaft unterliegt der Körperschaftsteuer und die Einnahmen (z.B. Gehaltszahlungen) des Gesellschafters der Einkommensteuer. Das Gehalt, das durch die Gesellschaft an den Gesellschafter gezahlt wird, sind Kosten für das Unternehmen und dürfen als Betriebsaufwand abgezogen werden. Das Jahresergebnis gemindert um das Gehalt des Gesellschafters ergibt das zu versteuernde Einkommen.
Die Gewinnausschüttungen (Dividenden) der Kapitalgesellschaft an eine an ihr beteiligte natürliche Person (Anteilseigner oder Aktionär) werden wiederum mit der Kapitalertragsteuer (KESt) besteuert. Die KESt ist von der Kapitalgesellschaft an das Finanzamt abzuführen. Die KESt wird auf die ESt angerechnet.