Kompartimente sind durch Biomembranen abgegrenzte Teilbereiche einer Eukaryoten-Zellen (Eucyte). Diese sind also in unterschiedlichste Reaktionsräume gegliedert, in denen auf engstem Raum verschiedenste Stoffwechselreaktionen ermöglicht werden. Das Vorhandensein von Kompartimenten ermöglicht somit eine intrazelluläre Arbeitsteilung, durch die eine enorme Differenzierung und Leistungsteigerung der spezialisierten Zelle ermöglicht wird. Kompartimentierung ist somit auf zellulärer Ebene die evolutive Voraussetzung für die Entstehung komplexer, differenzierter Organismen. Beispiele für Kompartimente sind der Innenraum des endoplasmatischen Retikulums, das Stroma der Chloroplasten, die Matrix der Mitochondrien oder die Innenräume der Thylakoide.