Die Bayerische Alpen sind Teil der Nördlichen Kalkalpen, soweit sie im Bereich der Ostalpen liegen und werden durch den Lech im Westen und durch den Inn im Osten, sowie durch die österreichische Staatsgrenze im Süden begrenzt. Die Bayerischen Alpen umfassen von Westen nach Osten folgende geographische Einheiten:
- Alpenvorland
- Allgäuer Alpen (Teilweise)
- Ammergauer Alpen
- Wetterstein Gebirge (Teilweise)
- Werdenfelser Land
- Estergebirge
- Karwendel (Teilweise)
- Jachenau
- Mangfallgebirge
- Chiemgauer Alpen
- Berchtesgadener Alpen
Die höchste Erhebung der Bayerischen Alpen und damit Deutschlands ist die Zugspitze. Dieser Berg liegt im westlichen Teil des Wetterstein-Gebirges und hat mit 2 962 m ü. NN, sowie zwei kleinen Gletschern hochalpinen Charakter.
Wie auch die Alpen insgesamt, so sind auch die Bayerischen Kalkalpen stark durch die letzte Eiszeit geprägt worden. So entstanden Kare, Seen und die typischen U-Täler durch Gletscher. Ablagerungen der eiszeitlichen Flüsse, sowie vor allem die Gletscher ließen insbesondere im Alpenvorland eine hügelige Landschaft mit Seen und Mooren entstehen.