Die Klon-Selektionstheorie (engl. clonal selection theory) beschreibt in der Immunologie das Phänomen, dass alle Zellen, die Antikörper produzieren können (B-Lymphozyt) wie auch ihre korrespondierenden steuernden Zellen (T-Lymphozyt) alle Klone einer gemeinsamen Mutterzelle sind.
Durch einen Kontakt mit einem bestimmten Antigen wird aus der angeborenen Vielzahl dieser immunologischen Mutterzellen (Vorläuferzellen) erst derjenige Klon zur Vermehrung angeregt, der auch auf das Epitop des Antigens passende Antikoerper herstellen kann. Dieses selektive Signal zur sogenannten B-Zell-Proliferation geschieht auf molekularer Ebene dadurch, dass ein T-Lymphozyt nach dem Schlüssel-Schloss-Prinzip an ein MHC-Protein (Klasse I oder Klasse II) eines Makrophagen oder B-Lymphozyten bindet, der das Antigen nach Aufnahme und Aufbereitung präsentiert. Nach dieser Bindung und der Ausschüttung von Interleukin-2 durch die T-Zelle beginnt die Antigen-präsentierende Zelle (B-Lymphozyt oder Makrophage) sich zunächst ungehemmt zu teilen. Die Nachkommenzellen dieser ursprünglich Antigen-bindenden Zelle stellen somit eine klonale Population dar. Während der Teilung differenzieren sie sich in Antikoerper-produzierende Zellen (Plasmazellen) und Gedächtniszellen.
Theoretisch besitzt jeder Mensch etwa Varianten der zur Antigenerkennung fähigen Vorläuferzellen und kann damit theoretisch auch diese (und nur diese) Anzahl unterschiedlicher Antikörper bilden. Dieser angeborene Besatz bildet das sogenannte präimmune Antikörperrepetoire. Die unterschiedliche Ausprägung dieser Varianten bei verschiedenen Individuen erklärt auch, daß z.B. bei einer Epidemie immer ein statistischer Prozentsatz an Infizierten eine effiziente Immunität gegen den Erreger hat, da diese zufällig über die entsprechenden zellulären Klone verfügen.
siehe auch: Humorale Antwort, MHC-Restriktion