Amonium entsteht in erster Linie beim Abbau tierischer Eiweiße. NH4+ wird über eine Nitritstufe bakteriell unter Sauerstoffverbrauch zu Nitrat oxidiert. Amonium selbst ist relativ harmlos, steht aber im Gleichgewicht mit dem Amoniak, einem starken Gift. Dieses Gleichgewicht zwischen beiden Stoffen hängt maßgeblich vom PH-Wert und der Temperatur des Wassers ab. Der Anteil des Amoniaks steigt entsprechend steigendem PH-Wert und steigender Temperatur. Amoniumgehalte im Wasser von 0,5-1 mg/l werden als bedenklich für Fische eingestuft; Werte über 1 mg/l sind für Fischereizwecke nicht geeignet.