Diese Liste beinhaltet alle Flüsse, die sich auf bayerischem Gebiet befinden.
Bilder bedeutender Flüsse
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Die Amper bei Fürstenfeldbruck
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Die Donau nach Passau
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Die Iller bei Arlach
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Der Inn bei Kufstein
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Die Isar in München
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Der Lech in Augsburg
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Der Main in Würzburg
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Die Salzach in Laufen
Liste der Flüsse
- Donau
- rechte Nebenflüsse
- Iller
- Roth
- Günz
- Mindel
- Zusam
- Schmutter
- Lech
- Vils
- Füssener Achen
- Mühlberger Ach
- Halblech
- Trauchgauer Ach
- Illach
- Schönach
- Peitnach
- Wertach
- Wertacher Starzlach
- Waldbach
- Lobach
- Kirnach
- Geltnach
- Gennach
- Singold
- Senkelbach Stadtbach in Augsburg, gespeist aus Wertachwasser, fließt bei der Wertachmündung in den Lech
- Proviantbach Stadtbach in Augsburg, gespeist aus Lechwasser, fließt bei der Wertachmündung in den Lech zurück
- Stadtbach Stadtbach in Augsburg, gespeist aus augsburgerischen Stadtbächlein, fließt bei der Wertachmündung in den Lech
- Friedberger Ach
- Paar
- Abens
- Große Laaber
- Isar
- Pfettrach
- Sempt
- Amper (Abfluss des Ammersees, Fortsetzung der Ammer)
- Glonn
- Würm (Abfluss des Starnberger Sees)
- Maisach
- Dorfen
- Moosach
- Eisbach Stadtbach in München, gespeist aus Isarwasser, fließt in die Isar zurück
- Auer Mühlbach Stadtbach in München, gespeist aus Isarwasser, fließt in die Isar zurück
- Loisach
- Jachen
- Rißbach
- Leutascher Ache
- Vils
- Wolfach
- Inn
- linke Nebenflüsse
- rechte Nebenflüsse
- Main
- Quellflüsse
- rechte Nebenflüsse
- linke Nebenflüsse
- Chiemseezuflüsse
- Tegernseezuflüsse
- Saale
- Bregenzer Ach
(große Flüsse fett gedruckt)
Bayerns größte Flüsse

Bis auf die Zahlen über den Lech und die Wertach entstammen alle Angaben dem Hochwassernachrichtendienst Bayern. Dieser gibt für den Lech am Pegel Augsburg (unterhalb der Wertachmündung) einen mittleren Abfluss von 115 m³/s an, wobei der durchschnittliche ETA-Wert beim Lech 191 m³/s beträgt.